アガロースゲルとアクリルアミドゲルの違い

質問

現在卒業研究で植物の多型解析にチャレンジしてます。
まずアガロースゲルで増幅を見て、次にアクリルアミドゲルで多型が無いか検証してます。
その際はじめからアクリルアミドで見てはいけないのでしょうか？
また、アガロースではシングルバンドだったのにアクリルアミドではバンドが複数出るのはなぜでしょう？

詳しい方いらっしゃったら教えてもらえないでしょうか？

回答No.1

otx

電気泳動がどうしてタンパク質やDNAなどを大きさによって分けることができるか知っていらっしゃると思います。

簡単に言うと、
アガロースゲルやアクリルアミドゲルのような「網（ネット）」の中をかき分けて進むときに、
大きいものほど移動しづらい、小さいものほど移動しやすい
という原理です。

その網の目の大きさが
アガロースゲルに比べて、アクリルアミドゲルのほうが「密な網」であるのです（アクリルアミドゲルのほうが「高分解能である」といいます）
もちろん、２つのゲルの％によっていろいろですが、一般的に、です。

＞アガロースではシングルバンドだったのにアクリルアミドではバンドが複数出る

アガロースゲルでは、10bp以下の２つのバンドを分離するほど分解能が高くないです。なので、２つのバンドは１つに見えます。

アクリルアミドでは、この２つのバンドを分離するだけの分解能なので、
２つのバンドとして検出できるわけです。

＞その際はじめからアクリルアミドで見てはいけないのでしょうか？

アクリルアミドの電気泳動では、アガロースのそれに比べて、準備、そして泳動時間に結構時間がかかります（お金もかかるかも）。
なので、せっかく長時間アクリルアミドで電気泳動しても、泳動したサンプルがもともとうまくいっていなかったら、時間の無駄が多いです。
なので、それをアガロースゲルで簡単に確かめた上で、アクリルアミドゲルを使った方がいいという判断なのではないでしょうか。