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大腸菌からの直接PCRについて
僕は大学の研究室でクリスマスローズという花の種特異的なDNAマーカーについて研究しています。その実験の過程で質問があります。 葉から抽出したDNAをオペロン社のプライマーOPA01~20までを用いて多型検索した結果いくつかの種特異的なバンドが得られました。それを大腸菌を用いてクローニングし、目的断片の確認のためコロニーPCRを行いましたが、その結果わずかながらサイズに差のあるバンドが数種類検出されたため、どのバンドが目的のものかを特定することができずに困っています。自分としては、大腸菌から直接OPAプライマーを用いてPCRを行えば、目的バンドがあればそれが増幅されるのではないかと考え、PCR組成、反応条件を変えて実験しています。しかしうまくいきません。もしこのような実験を経験したことがありましたら、PCR反応液の組成、反応条件などアドバイス下さい。その他にもなんかアドバイスありましたらぜひ頂きたいです。お願いします。
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