アクリルアミドゲル電気泳動

質問

DGGE解析のため、アクリルアミドゲルを使ってPCR産物を電気泳動をしています。１２０Vの定電圧で長時間泳動していると、帯状（幅２ｃｍ位）にガラスプレートからゲルが剥離して、空気が入ったようになります。
泳動後、染色してみると、その空気の部分が染色できていなくて、真っ暗なままです。
これは何が影響でおこるのでしょう？
アクリルアミドのメーカーを変えると、剥離が起こったり起こらなかったりします。これって純度のせいですか？もしそうならば、ビスアクリルアミドも疑わなければいけなくなるんでしょうか。

電圧を下げると起こらなくなりそうな気配はあるのですが、そうなると、20時間近く泳動することになりそうです・・・
ともかく、こういった現象がなぜ起こるのか、知りたいので、よろしくお願いします。

回答No.1

blackdragon

考えられる原因

・ゲル板が汚れている
・脱気が不十分
・泳動中の温度が上がりすぎる

といったところでしょうか。

温度上昇の対策としては、冷却機構（冷却水のパイプ）付きの泳動層を使う、低温室で泳動するなどが考えられますね。
ただ、DGGEの場合、冷やしすぎた場合に悪影響があるかもしれません。（DGGEの経験は無いため分かりません）

お礼

早速ありがとうございます。

ゲル板の洗浄は十分に行っているつもりです。
DGGEでの泳動条件として、60℃で泳動しています。
脱気は行ってないのですが、気泡が入る場所はいつも決まっていて、ゲルの上から５ｃｍくらいのところです。脱気＆ろ過は必須なのでしょうか。

バッファータンクには温度センサーがついているので、設定値以上の温度の上がりすぎはないと思ってます。ですが、何らかの原因で、部分的に負荷？がかかった状態なのかと勝手に想像しています。

混ぜ方とか、意外と基本的なことなのかもしれないですね。
丁寧にやってみます。
ありがとうございます。