アガロースゲル電気泳動時にサンプルやマーカーが浮いてしまいます。。。

質問

アガロースゲル電気泳動を行ってDNAやPCR産物のバンドを検出する際に、アプライしたサンプルやマーカーが泳動中にゲルから浮き出てしまい、解析できないことがしばしばあります。

dyeはBPBを使用していて、100Vで30分ぐらい泳動していますが、10分ぐらいでゲルに青色のバンドが全く残っていないという現状です。
バッファーは１×TBE,ゲルも１×TBEで１～２％アガロースゲルを通常毎回作成して使用しています。
サンプルの精製度が悪ければ浮いてくるという話は聞いたことがありますが、マーカーも浮いてきてしまうので原因が全くわかりません。
ほかの人は同じマーカーを使用していてもこのような現象はないということです。
ゲルの作成方法に問題があるのかと考えましたが、全くわかりません。

考えられる原因をいろいろと教えていただければ、大変助かります。
どうぞよろしくお願い致します。

回答No.3

tamucchi21

サンプルをエタ沈した後なら、エタノールを完全に乾燥させないと
泳動バッファー中に拡散してしまいます。
もしくはdyeの濃度が低すぎる？
dyeはグリセロールと混ぜてサンプルを沈殿させるので
グリセロールの濃度が低すぎると泳動バッファー中に
拡散してしまいますよ。

お礼

回答ありがとうございます。
私も助言いただいたことは一度考えたのですが、マーカーも浮いてきてしまうので、他の原因である可能性が高いです。
もちろん上記のことは確認してみました。

回答No.2

geneticist12

泳動槽やゲルが水平に置かれていないのかもしれません。
ゲルが前傾していると、水平に移動するサンプルはやがてゲルから抜け出てしまいます。
加えて、泳動バッファーをたっぷり入れすぎていませんか。バンドのシャープさや泳動時間短縮のため、ゲルの高さぎりぎりくらいにするのがベターですが、それを守っていればゲルが斜めになっているのもすぐわかります。

お礼

回答ありがとうございます。
確かに、バッファーは多めに入れているので、ゲルの高さぎりぎりにしてもう一度挑戦してみたいと思います。

回答No.1

tunertune

他の人がうまくいっているのであれば、他の人のやっているのをみせてもらい、さらに自分がやっているのをみてもらうのがよいと思われます。

ちなみに、アプライしたときは浮いてこないんですか？
泳動中にとのことでしたら、もしかしたらゲルの形が影響しているのかもしれません。前にゲルをケチって少なめに作ったところ、両端のゲル厚と真ん中のゲル厚との差がかなりできてしまい、泳動中にほとんど流れ出てしまったことがあります。

補足

回答ありがとうございます。
一度ほかの人がやっているのを見たことがありますが、特に私の方法とは変わりないように見えました。。。
アプライしたときは浮いてこなく、ゲルもどちらかというと厚めに作成しています。