DNAアガロースの電気泳動

質問

研究室に配属されたばかりの３年生なんですが、ショウジョウバエの幼虫からDNAを抽出し、PCRを用いてそれを増幅させ、電気泳動で、DNAが増幅されているかどうかを確認する実験をしました。
サンプルマーカーには、λ/HindIII（2.3、9.4、6.6、 4.4、 2.3、 2.0）を用いました。
電気泳動の結果は、2.3と2.0のバンドがしっかりと見え、その下にもいくつか不要なバンドが見えていました。
この結果から、遺伝子（DNA）の構造を考えたいのですが、どのように考えたらいいかアドバイスがあれば教えてください(>_<)お願いしますm(__)m

回答No.3

geneticist12

かわいそうな状況を読んで、ちょっと厳しいことを書きすぎたかなと反省しています。実験以前に大事な教育が放棄されているようでちょっと心配です。

実験は、こういうことを調べるため、こういう実験をやって、出てきた結果をこのように検討すればいいという、実験デザインが重要です。調べようとしているものの性質がこうだったら、こういう結果がでるだろう、ちがったらこうだろうとか、作業仮説というか、見込みをつけてはじめるものです。ともかく、実験をしてデータが出てから、さてどうしようというのは、ある意味、本末転倒です。もちろん、全く予想外の結果が出ることもあります。そこが、研究の面白いところで、そうなったらその結果を踏まえて作業仮説を修正して、新たな実験デザインをすればいいのです。

それで、あなたの実験デザインはどんなものだったのでしょう。何を期待していたのでしょう。その期待と、実験デザインは整合性があるでしょうか？

ひとりで新しいことを始めるのは不可能ではないかもしれませんが、非常に困難です。ましてや、実験を自分でデザインするというのは、研究室に入ったばかりで、科学的、論理的な考え方の訓練も十分でない状況では、実験手技を習得する以上に難しいと思います。センセイじゃなくて先輩でもいい、他の研究室でもいいから、だれか基本的なことから教えてもらえる人を見つけることです。ラボに入って、最初の教育は重要です。私の経験では、初期教育をきちんと受けた人は、伸びる可能性がありますが、いい加減な教育を受けた人は、いつまでもぱっとしません。ぜひ、誰かいい人を。

あとは、関連分野の論文をよく読むこと。そうすれば、こういうことを調べるにはこういう手法があるとか、研究はこうして組み立てていけばいいというようなことがわかってきます。

それと、実験手技の教科書は、あくまでも、原理的にはこうだとか、問題なくうまくいけば、こういう結果が出るということしか書いていません。実際には、うまくいかずに変な結果がでることも多いです。それが変かどうか、問題があるとしたらどこかという判断は、経験をつんでいくしかありません。そのためにも、経験豊かな相談相手がいるといいです。そして実験には、うまくいっているかいないかが判断できるような、適当なコントロールを要所要所でとること。私には、あなたのご質問にある結果が、artifactである可能性が否定できません。

これからの、ラボ生活に少しでも役立てば、

回答No.2

sak82

実験の目的がわからないと答えにくいです。
ので、こちらから質問です。
プライマーはどのように設計したか？（既知配列or他種のアミノ酸配列からの推定）

ゲノムDNAからのPCRではイントロンを含んでいると思われるが問題ないのか？未知遺伝子の配列決定にはmRNAからのRT-PCRが一般的だと思います。

回答No.1

geneticist12

おそらく、訓練のための実験でしょう。そういうことなら、こんなところでこっそりカンニングするより、superviserとdiscussしたほうがいいと思うぞ。
実験について、データについて、その解釈について、自分で考え抜き、疑問点や、アイデアを他の人とぶつけ合って真理に近づいていくというのは、研究していく上で、実験そのものと同じくらい重要なことです。それも訓練のうちだと思います。たぶんsuperviserも、あなたが正解を持ってくるとは期待していないでしょう。大事なのは、データをありのままに（曲解せずに）理解し、それをもとに、いかに論理的な説明ができるかです。また、どこが疑問点か、それを自分ではっきり理解することです。なにがなんだかてんでわからないけれど、とにかく教えて、というのじゃ小学生と一緒です。まず、自分はどう考えるのか（単にそう思うというのではなく、そう考えた道筋を論理的に説明できるように）、それ無しに他人にものを聞くものではありません。ましてや、superviserをさしおいて、こんなところで相談しているなんて失礼だと思うが、どうだろう。

補足

なんて言えばいいか、よく分からないですけど、これはうちの研究室の研究実験ではなくて、今後の実験に向けて生徒の方でやってる実験なものなので・・・教授は専門外なので、関わっていません。聞いたところで自分で調べろ、です。調べてましたが、なかなか答えも見つからず、ほかにも課題はあるので、もう流そうかと思っていたんですが、最後にここで聞いてみようと思い、聞いてみた次第です。言われていることはよく分かります。ありがとうございました。