PCR産物を電気泳動すると・・・

質問

PCR産物を電気泳動すると、ひきずって流れているように筋のようなものができて流れていきます。
バンドも見えるのですが、筋があるのではっきりとは見れません。
ちなみにゲルはすでに作られているものを用いているので、ゲル以外に原因があると思っています。しかし、PCRにかけるときはプライマーとDNAとmilliQしか入れていません。

同じような経験がある方、原因がわかる方いらっしゃったらお願いします。

回答No.3

de_tteiu · ベストアンサー

#2さんがお答えにならないので…

Mg濃度が問題になるのは
(1)templateやprimer溶液にMgが含まれている
(2)bufferの組成に問題がある（あまりないですが）
時です

まあ、template溶液を脱塩すれば問題ないかと思います

ちなみに、PCR産物が短くてGCリッチな配列だったりするとうまくできていてもどうしてもひきずってしまいます
ただ、バンドがはっきり見えなくなるまでには通常なりませんが

回答No.2

Dr_Hyper

問題点としては、
1. PCR反応
2. 電気泳動
ですね。まずPCR反応ですが、引きずって流れているような筋はレーン全体に上から下へ滝のような感じのパターンということですよね？
これは特異的な領域を増幅できなかったときに起きるパターンと考えられます。Mg濃度やPCR反応のアニーリング温度、primerの設計を疑う必要があります。
電気泳動ですがゲルがredy madeだとして、泳動bufferおよびsample bufferは問題ないでしょうか。一番簡単な評価としては同じsample bufferで調整したDNAのサイズマーカーはちゃんと泳動されているかどうかで判断できます。
簡単にはこの２点です。

補足

ご回答ありがとうございます。
サイズマーカーは流れているのでPCR反応に問題があると思っています。
ちまみに、Mg濃度を改善するための手段はどのようなものがあるのかもし知っていれば、お願いします。

回答No.1

de_tteiu

１つ気になったんですが、bufferは入れなかったんですか？（さすがにdNTPは入れているでしょうが）

補足

すいません、書いていませんでしたが、もともと調整されたものを用いています（accu power/bioneer社)。