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言葉の厳密な意味
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原核生物のことでしたら、申し訳ありませんが最初の私の説明は忘れてください。あまり専門ではないので参考程度に願いますが、例えば http://www.insilicobiology.co.jp/data.files/Ohyama_2005_4_21.pdf の「ISとトランスポゾン」のページを見ますと、トランスポゾンの構造の一部（両端）に位置する配列がISであり、ゲノム上での転移に関する機能を担っているということのようです。 ちなみに、 direct repeatsの例: AACGAATTT.....AACGAATTT inverted repeatsの例： AACGAATTT.....AAATTCGTT レトロトランスポゾンは確か原核生物には無い・・ですよね。また、少なくとも真核生物では、トランスポゾン、レトロポゾン、レトロトランスポゾン等、各種転移因子の定義（逆転写酵素の有無等）は人によって違っている場合もあるようですので注意が必要です。
ひょっとして原核生物の転移因子に関するご質問でしたでしょうか。「挿入配列」というと、本来無かった場所に新たに何らかの配列が挿入された際のその配列のこと、という一般的な理解で解答いたしましたが、原核生物では「挿入配列（IS）」は特定の種類の転移因子に対して与えられた定義のようです。 そうでないなら、「挿入配列」は単に「挿入されている配列」であって、トランスポゾンもレトロポゾンもその一種と考えて宜しいでしょう。転移因子以外の任意の配列の挿入をも包含する意味で用いられると思います。
挿入配列の一部の種類がトランスポゾンであり、direct repeatは同方向の繰り返し配列、inverted repeat は互いに逆方向の繰り返し配列です。
補足
IRとDRは、配列を見ればわかるのですね。 ＞挿入配列の一部の種類がトランスポゾンであり、 レトロトランスポゾンとかもそうですよね？ 挿入配列の定義と、トランスポゾンの定義でどう違うのでしょうか？
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補足
はい、言葉足らずで申し訳ありませんでしたが、原核生物についての話です。 細胞内でDNAがゲノム上を動き回る現象が確認され、その正体がトランスポゾンなのですよね。で、その言葉の定義なんですが、ISはトランスポゾンの一種であるのはご教授いただき理解したのですが、トランスポゾンの定義＋何をもってISの定義となるのかがわからなかったのです。 レトロトランスポゾンも同様に定義が今一つ見えてこないのです。 厳密な違いってあるのでしょうか？ 上手く伝えられているのかわからず申し訳ないですが、もしよろしければご回答お願いいたします。