DNA濃度でシーケンス結果が変わる？？

質問

放線菌を素材にして、DNA抽出をし、PCRからシークエンスという作業を行っています。しかし、どうもある菌株についてDNA濃度が高いものをPCRしたときと、薄めたものをPCRしたときでシーケンス結果がちがっている事に気づきました。
こういった現象ってありえるのでしょうか。詳しい方、回答お願いいたします。ちなみに、電気泳動結果は非常にとはいえないまでも比較的クリアーなバンドを示しています。
初心者ですので訳のわからないことを書いているかもしれませんが、よろしくお願いいたします。

回答No.2

sakasagitsunen

sake-ikuraさんへ

この現象はありえます。

ご存知のように、プライマーの違いによって、PCRがかかりやすい遺伝子断片やかかりにくい遺伝子断片がありますよね。

A: 調べたいPCR産物の中に、本命の遺伝子断片の他に、使用している片側のプライマーにもっとかかりやすい遺伝子断片が少し混じっている場合、

（１）PCR産物を少濃度で使用していれば、そのような他の遺伝子断片がサイクルシークエンスされずに本命の遺伝子の塩基配列が解読出来ますが、

（２）PCR産物を比較的高濃度で使用していれば、少濃度であっても、そちらの方が、そのプライマーにかかりやすい場合、そちらの方が優占的にサイクルシークエンスされることになります。

※ご存知のように、サイクルシークエンスに用いるPCR産物の濃度は、他に少量残っている他の遺伝子断片の影響を防ぐためにも、少なめの方が無難です。。

回答No.1

guragura77

＞DNA抽出をし、PCRからシークエンスという作業

ゲノムをとってきてPCRで一部の配列を増幅してからPCR産物をシーケンスしている、という意味ですか？
それともサーマルサイクラーでDNAとシーケンス試薬を反応させた、という意味ですか？

＞ある菌株についてDNA濃度が高いものをPCRしたときと、薄めたものをPCRしたときで

PCRはテンプレート濃度以外の条件は同じですか？

＞シーケンス結果がちがっている

どう違うのですか？
ABI 等のトラブルシューティングを見ても解決できそうにない問題ですか？

＞電気泳動結果は非常にとはいえないまでも比較的クリアーなバンドを示しています

何の電気泳動結果ですか？

最後に、初心者が一人で実験をしているとも思えないのですが、指導者の方にこの質問をしましたか？