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MOPACでの構造最適化

MOPACで分子の構造最適化を行う場合、AM1とPM3で結果が異なります。 たとえば、安息香酸フェニルを最適化すると、AM1ではCOがベンゼン環と同一平面上に来ますが、PM3ではそうなりません。 構造はAM1を、IRスペクトルはPM3を使った結果が正しいことが多いと聞いたことがあるのですが、その辺の使い分けについて教えてください。 また、もしAM1の構造が正しいとすると、PM3を使ってAM1と異なる構造で求めたIRスペクトルがなぜ正しくなるのかもわかれば教えてください。

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みんなの回答

  • kasakata
  • ベストアンサー率50% (2/4)
回答No.1

PM3は水素結合を元から考えて計算するのに対し、AM1は水素結合にPM3ほど重みをおいて計算していない。 そして安息香酸フェニルではC=Oとベンゼン環上の水素が存在し、水素結合が分子内で起こりやすい、つまり水素結合が大きく関与すると考えられます。 その為、水素結合をよく考えたPM3を用いた方がより良い結果が得られるのだと解釈しています。 使い分けとしては水素結合の寄与の度合いで判断すればいいと思います。 ”AM1の方が正しいなら・・・”というのは分かりません。 ただ、AM1が正しいのであればPM3で得たIRは間違えだと思います・・・

参考URL：
http://venus.netlaboratory.com/material/messe/mopac2002/mopac_club/hamiltonian.html#PM3
asp0099
質問者

補足

回答ありがとうございます。 PM3のほうが正しそうだということは、おそらく現実は平面からずれているということですね。 水素結合はある程度距離をとったところが安定で、その距離になるようにねじれるということでしょうか。 じゃあ何でもPM3を使えばいいかというと、ビフェニルは参考URLのPM3の欠点のところに入っていたりして、なんとも難しいですね。 結局仮定や近似を用いている時点で正しく計算できる方法はないと言ってしまえばそれまでですが。 私が使う対象はだいたい有機物なのですが、生成熱の誤差が小さいということから、特に問題がなければPM3を使えばいいのかなと思いました。

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