実験方法

質問

生物学初心者です。

塩基配列だけが分かっていて、その生理機能が全く未知の遺伝子産物が存在する場合、その生理機能を明らかにするためにどんな実験を行えばよいでしょうか？

漠然とした質問で申し訳ありませんが、ご回答よろしくお願いします。

回答No.2

miya_0726 · ベストアンサー

私ならば、まずは相同性検索やモチーフ検索など、配列の情報解析を先にやります。該当の遺伝子を持つ生物の近縁種、また原核生物、真核生物など、どの辺りまで保存性があるのか？キナーゼドメインやDNA/RNA結合ドメインを持つのか？プロモーターや制御領域などはどうなっているか？既に公開されているmicroarrayデータを用いた発現部位の特定、など配列から知りうる情報は全て調べます。

その後、その遺伝子を持つ生物が

１、原核生物か酵母ならば、遺伝子の欠失やover expressionを行い、表現型に変化が起こるかどうか調べます。変化があればその表現型のsuppressを指標としたショットガンクローニングでmulti copy suppressorを取ったり、タグ付き遺伝子産物を発現させて細胞内局在を見たり、タグを指標にしてアフィニティーアッセイを行って相互作用するタンパク質を取ってきたり、など周辺の情報を集めて判断していきます。

２、真核生物ならば、まずは培養細胞を用いてRNAiを使って遺伝子のノックダウンを試みます。原核生物と同様に細胞内局在の観察、相互作用タンパク質の取得などと並行してANo.1さんと同じく染色による局在同定、ノックアウト、トランスジェニック動物の作成などを行います。

最近は、microarrayやprotein protein interactionなどの解析結果がかなり公開され入手しやすくなっていますから、得られる情報を最大限活用されるのがよいかと思われます。

お礼

ご回答ありがとうございます。
詳しい実験方法をご紹介していただき、とてもありがたく思っています。
実験方法の専門用語をさらに調べて、参考にさせていただきます。

回答No.3

MIYD

#2の方に追加で、

loss of functionやKDは時間や条件検討に時間がかかるので、
とりあえずover expressionで表現型を見る方が効率がいいかもしれません。

お礼

ご回答ありがとうございます。
参考にさせていただきます。

回答No.1

taronbe

遺伝子産物の現物があるのならそれに対していろいろ実験で試せばいいと思います。

なければ該当動物でその塩基配列をもとにしてin situ hybridizationか抗体を作成して免疫染色で発現部位を検索。次に発現部位から抗体を利用するなどして発現蛋白質を抽出精製、その後発現部位からその性質を予測しつつ実験で確かめるとか。

動物がラットかマウスなら、遺伝子産物の抗体を投与するとか、ノックアウトマウスを作成するとか（これは効率悪いか？）とか思いつきますが。

お礼

ご回答ありがとうございます。
ご紹介していただいた色々な実験方法名をさらに詳しく調べてみたいと思います。