- ベストアンサー
シークエンス解析について
シークエンスで元の配列と相同性を確認するのに皆さんどうやってやってますか? ひとつひとつ見ながらやっていたら日が暮れませんか? 1500kbpとかあったら大変です。
- みんなの回答 (7)
- 専門家の回答
質問者が選んだベストアンサー
その他の回答 (6)
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
関連するQ&A
- シークエンス解析
実験初心者でして分かりにくい質問であったなら申し訳ありません。大変初歩的な質問で恐縮です。 現在癌細胞を用いてシークエンスを行っています(ABI310)。PCRmixを作り、PCRをかけてDNAの増幅を確認して、その後PCR産物を100倍希釈してテンプレートDNAを作りプレミックス、プライマー、SDWを加えもう一度PCRをかけて、できたシークエンスPCR産物を精製しシークエンサーにかけ塩基配列を読み取る方法です。一回目のPCRではバンドは大変はっきりと見え増幅が確認できるのですが、シークエンサーで結果を見ると4色蛍光のうち、赤(T)のみほぼ真っ直ぐな波形でわずかにクネクネと山型をなしており、きれいな山型が出ません。他の3色についてはピークはそう高くはないのですが塩基配列は一応読み取れます。何度精製を念入りに行っても同じ結果で困っています。アドバイス頂ければ有難いです。
- 締切済み
- 生物学
- mRNAのシークエンスについて
私は哺乳類のある酵素のmRNAの配列を決定する実験をしています。 他種間で相同性の高いプライマーを使って一部の配列を読み、あとはRACE法で全長を読む予定です。 お聞きしたいのはそれぞれの断片を読む時のシークエンスの方法なのですが、私はダイレクトシークエンスで全部配列を読もうと思っているのですが、これは一度プラスミドに入れてから読むべきなのでしょうか。 読んだ論文ではプラスミドに入れて配列をよんでいるものがほとんどのように見受けられ、不安なのですが… ちなみに実験の目的はin situのためのプローブづくりなので、 全長を読んだ後適当な大きさの断片をプラスミドに入れてプローブを作ろうと思っています。 遺伝子については初心者なので、的外れなことを書いているかもしれませんが、お教えいただければ幸いです。 よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- シークエンスと分子量マーカー
PCR産物をアガロース電気泳動とシークエンスにかけたのですが。 電気泳動のバンドは690bp程度のところに出たのですが、シークエンスの結果は640bpでした。どっちが正しいのでしょう? ・プライマーの設計時には690bp前後を想定していました。 ・シークエンス結果はGene Bankで参照したところ、目的の配列とその長さのなかで一致しました。 ・プライマー配列は含まれていました(ただしやけに相同性が低い) すみませんこれだけで情報が十分かどうかはわかりませんがお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 2つのシークエンスによる結果の違い
PCR後の精製産物をシークエンスするダイレクトシークエンスとクローニングしてプラスミド回収してからのシークエンスの2パターンで配列解析をしました。 するとダイレクトシークエンスはうまく読めたのですが、もう一方のシークエンスのほうは、配列を読めずNと表示されました。 一般的にダイレクトシークエンスは、うまく配列を読むことが困難だということを聞いたことがあります。 今回このような結果になったのは、たまたまなのでしょうか? またダイレクトシークエンスの長所は、クローニングをしないので短期間でシークエンスが可能。短所は読めない配列が多いと聞いたことがあります。 そこでクローニング済みのシークエンスのほうの長短所って何なのでしょうか? 回答よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- シークエンスが読めない原因
ユニバーサルプライマーを用いてPCRし、シングルバンドであることを確認後、ゲルを切り出し、ゲル濾過し、シークエンスしました。 しかし、得られた波形データはフラットで、Gの波形においてピークというのではなくなだらかな山型に出ています。この原因として、反応阻害物質があると考えるべきなのでしょうか。配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。 補足として、 ・読みたい長さは1000前後、 ・シークエンスは外注です かなり乱雑な質問ではありますが、ご教授願います。
- 締切済み
- 生物学
- シークエンスについて
全塩基配列が解読されている遺伝子に対して 自作のプライマーを使用して特定部位の増幅を行っています。 自作プライマーで増幅した断片が 目的遺伝子由来かどうか検証するために シークエンスして調べようと思うのですが その際のシークエンスサンプル本数はどのくらいで 信憑性がある結果と言えるのでしょうか?
- ベストアンサー
- 生物学
- TAクローニング後のシークエンスに関して教えてください。
TAクローニング後のシークエンスに関して教えてください。 生命工学の分野で実験している大学生です。 現在、遺伝子のクローニングを行っています。 ある生物由来のRNAからcDNAを合成し、cDNAをテンプレートとして約1000bpの目的遺伝子をPCRにて増幅、増幅断片をTAクローニングでTAベクターに入れました。 インサートの確認をするため、ベクタープライマーでシークエンスをしましたが、その配列の解読に困っています・・ フォワードのプライマーで読んだ配列は、目的遺伝子配列の相補鎖となっていました。これで、3'側が900bpほど確認できました。しかし、リバースのプライマーで読んだ配列がどうなっているのかよくわかりません・・。 TAクローニングではインサートが逆向きになることがあるとのことですが、これはそのケースでしょうか?その場合、リバースプライマーで読んだ配列はどのような配列になるのでしょうか? 初投稿で読みにくい、説明不足な点もあるかと思いますが回答よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- PCRとシークエンスエラーについて
DNAの塩基配列のエラーはどのような時に起こるんでしょうか? サブクローニングでは起きないみたいですが。 また、PCR後にシークエンスは必ず行うものなのでしょうか? 経験上PCR後のシークエンスでのエラーは両端に多いと思うのですが、 きのせいでしょうか? いつも両端が合っていることを確認してそれから中を読むようにしています。 また、1つのプライマーで300塩基読めますが、 複数使うプライマーの場合解析が大変じゃないですか?
- ベストアンサー
- 生物学
お礼
ありがとうございます。助かりました。 また、分からないことがあったら 質問するかもしれません。