bioperlのプロキシ設定
- 大学内LAN環境でWindows2000/SP4にActivePerl v5.8.4をインストールして、bioperl v1.2.2を使おうとしていますが、データベースアクセスができません。
- プロキシ関連のモジュールを設定する方法や、個々のモジュールへの設定方法が分かりません。
- プロキシ環境でのbioperlの使用方法を教えていただけないでしょうか?
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bioperlのプロキシ設定
カテゴリ違いかもしれませんが・・・お願い致します。 大学内LAN環境でwindows2000/sp4にactiveperl v5.8.4をインストールして使おうとしています。 windows上でプロキシの環境変数を設定し、PPMでbioperl v1.2.2をインストールすることはできたのですが、bptutorial.pl等のデモスクリプトで、データベースアクセスができませんでした。("500"エラーが出ました。) 事前に自分の家での環境でインストールした際(プロキシなし)には動作確認ができています。 自分が調べた限りではLWPやWebDBseqIといったモジュールの記述に、プロキシ関連のものを見つけることができたのですが、どれか一つを設定すればよいのか、それとも個々のモジュールを呼び出す際すべてに設定するのか、またはPPMの時のように別に設定する必要があるのか??見当がつかない状況です。 どなたか、プロキシ環境でのbioperlの使用方法を教えて頂けないでしょうか?よろしくお願い致します。
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>HTTP_proxy環境変数と設定すればOKかと思います。 これについて確認されましたか? set HTTP_proxy=http://大学のプロキシ:8080 LWPが使われるなら、スクリプトの改造をしなくても、 内部で環境変数を読み出してくれると思うのですが..
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- k_o_r_o_c_h_a_n
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bioperlを使ったこと無いので、何ですが... bioperlは、LWPを下層に使っているので、PPMと同じように HTTP_proxy環境変数と設定すればOKかと思います。
お礼
質問への回答ありがとうございます。 回答を頂いてからLWPに関して調べて、テストスクリプトに改良を加えてみたのですが、同様のエラーが出てしまいました。 いろいろ調べているうちに質問の中のWebDBSeqIモジュールの中で、プロキシ設定値をLWPに渡している記述があることに気づき、今度はこっちのモジュールの設定をしてみたのですが、構文エラー「can't call method proxy--」が出てしまい行き詰まってしまいました・・・.もしよかったら、またアドバイスを頂けないでしょうか?
補足
【テストスクリプト2】 use Bio::DB::GenBank; use Bio::DB::WebDBSeqI; $gb = new Bio::DB::GenBank; $httpproxy = $db->proxy(['http'],'http://大学のプロキシ:8080'); $seq = $gb->get_Seq_by_id('MUSIGHBA1'); print $seq; 【WebDBSeqIのpodテキスト】 Title : proxy Usage : $httpproxy = $db->proxy('http') or $db->proxy(['http','ftp'], 'http://myproxy' ) Function: Get/Set a proxy for use of proxy Returns : a string indicating the proxy Args : $protocol:an array ref of the protocol(s) to set/get $proxyurl:url of the proxy to use for the specified protocol $username:username (if proxy requires authentication) $password:password (if proxy requires authentication)
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