ゲノムについての質問です

質問

ゲノム実験の初心者です。
PCR実験中にコンタミしてしまったらしく、アガロース電気泳動でよくわからないバンドが出現しました。
コンタミが原因だとは思うのですが、みなさんは抽出したゲノムはどのようにして保存されてますか？ここでは冷蔵保存をしているのですが、抽出したゲノムは何日後くらいまで利用できるのでしょうか？

回答No.3

gc-ms · ベストアンサー

ブランク＝ネガティブコントロール（テンプレート無し）としたのであれば，コンタミの可能性が考えられます。プライマー自身のバンド（むしろスメア）がかなり低分子側に見られることはよくあります。
　反応液を仕込む際，テンプレート以外の全試薬をネガティブ用のチューブでまとめてつくり，そこからポジティブの分を別のチューブに分注する（それまでテンプレートのチューブには触れない）やり方は試したでしょうか？
　チップはこまめに交換した方がよいです。先端が反応液に付いたと思ったら，たとえテンプレートが入っていなくても，交換します。そうすることで，試薬が汚染することを防ぐのです。チューブの蓋を開ける時に勢いよくやってしまうと中身が飛び散り，ほかのチューブに入るという可能性は全くないわけではありません。また，手袋をしていると感覚が鈍るので，蓋についた液適を触れ，手袋に付着したDNAがコンタミする可能性もあります。試薬等をチューブに分注してある場合は，軽く遠心をかけてから実験を進めた方がよいでしょう。
　私も，抽出したDNAは4 ℃で保管しています。何日後まで利用できるかはわからないのですが，私の経験だと2週間は大丈夫です。頻繁に使わないのであれば-20 ℃で保管します。

回答No.2

TCA

ブ　サ　　（ブ：ブランク、サ：サンプル）

　ー　ー　←目的のPCR産物…(1)
　　　ー　←想定外のバンド…(2)

こんな感じでしょうか？
バンド(1)と(2)の間がどのくらい離れているか分かりませんが、かなり近接しているのであれば、(2)が目的のバンドで(1)が非特異的な反応かコンタミによるものという可能性もあります。
ブランクというのはサンプルと比べて何が入っていないのでしょうか？

回答No.1

TCA

PCRについてですが、目的のバンドの他に想定外のバンドが検出されるのでしょうか。それでしたらPCR反応のアニーリング温度が低くて非特異的な増幅が起こっているのかもしれません。アニーリング温度はプライマーのTm より5℃くらい（うろ覚えなので調べてみてください）低ければ大丈夫のはずなので、上げてみてはいかがでしょう。

補足

説明が少なくてごめんなさい。
ブランクには目的とするバンドが出現してしまいました。
サンプル自体では、目的部分よりの少し下にもう一本バンドが出現しています。
通常のPCR実験でコンタミしやすい試薬など、思い当たる節があれば教えてください。