- 締切済み
ゲノムＤＮＡ考察について
- みんなの回答 （2）
- 専門家の回答
みんなの回答
- Drgorilla
- ベストアンサー率44% (52/116)
（少なくとも増やしたいcDNA近辺の）ゲノムがわかっているのであればプライマー配列から増幅産物（ゲノムDNA）のサイズを推定できますよね？
- hiddenleaf
- ベストアンサー率63% (42/66)
どんな遺伝子でどんなPCRなのかわからないのでなんとも言えませんが・・。 Alternative SplicingによるSplice Variantの可能性はありませんか？ 根拠を明確にと言われると、それが一番ありえそうな気がします。
関連するQ&A
- ＲＴ－ＰＣＲ
RT-PCRでcDNAの作成を行っています 通常は、 RNA抽出物を逆転写して (polyA primerで) PCRへもっていっています。 しかし 先日ふと思い立って、 RNA抽出物を鋳型として そのままPCRしてみました。 すると、このRNA抽出物を鋳型としてPCRした場合も、 ｃDNAを鋳型とした時と同じ位置にバンドが出てきました。 このバンドは、鋳型RNAをRNAse Aで処理すると消えます。 このPCR産物の シークエンスをチェックしてみると、 目的遺伝子であることが確認できました。 （全長800bpの中の500bpのシークエンスを確認) RNA抽出キットはキアゲン社のものを使っています。 精製度が高いということなのでDNase処理は行っていません。 この場合、 RNAを鋳型として 目的遺伝子が増幅しているのでしょうか？ あるいは、 ゲノムDNAがコンタミが原因で イントロンを含んだものが増えているのでしょうか？ 通常、 DNA polはRNAを鋳型として 遺伝子増幅できないといわれていますが、 本当でしょうか？ 何か参考になる文献があれば 教えていただけないでしょうか？ よろしくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学
- PCR産物のゲル抽出・制限酵素処理後の電気泳動
大腸菌のゲノムからPCRで目的遺伝子を増幅し、アガロースゲル電気泳動にて目的位置にバンドが出ていることを確認した後、目的バンドを切り出してゲル抽出をしました。 その後、２種類の制限酵素で１晩処理し、アガロースゲル電気泳動にて泳動しましたところ、目的位置よりも高い（重い）位置にバンドが出ました。（(1)）PCR後にはなかったバンドで、PCR産物の泳動後のバンドより高い位置にあったため、酵素処理の切れ残り・切断のされすぎなどは考えられないかと思っています。 仕方がないので、非目的バンドを避け、目的のバンドを切り出してゲル抽出・エタノール沈殿を行った後、アガロースゲル電気泳動にて泳動したところ、やはり非目的バンドが(1)と同じ位置に出ました。 また、別の遺伝子を別プライマーを用いて、同じような作業でPCR・ゲル抽出・制限酵素処理（上記とは別の２種類）を行ったところ、やはり同じように高い位置にバンドが出てきてしまいます。 PCRに使用する鋳型のゲノムは同じ物を用いているので、ゲノムがおかしいのでしょうか？ そうだとしたら、PCR後に変なバンドが出ると思うのですが、PCR後には目的のバンドしか見えません。 このような場合、どのような作業が必要でしょうか？ 同じような経験がある方、是非教えてください。 追記：非目的バンドは、ちょうど目的バンド×２くらいの重さの位置に出てきています。 なんらかの形で２つがセルフライゲーションしてしまうことなどはあるのでしょうか？
- 締切済み
- 生物学
- アガロースゲル電気泳動におけるPCR産物バンドの乱れ
600 bpくらいのDNA配列をPCRで増やし、その産物をPEG沈して精製しているのですが、PCR直後の電気泳動（1.5% TBE gel)では1本のバンドなのですが、PEG沈後の電気泳動では2本になっています。 分子量で見ると、産物のバンド（600 bp）に加えて、450bp程度のバンドが新たに出現します。精製中に分解したのでしょうか？（でも、DNaseのコンタミだったらもっとズタズタに切れますよね）。それとも、精製過程で産物の一部が何か高次構造のようなものをとって、電気泳動上で二本になって見えるのでしょうか？ 原因についてご存知の方、あるいは同じ経験をされた方、教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
- スメアーなバンド
特定の遺伝子の組織ごとのRNA発現量を調べるために、RNA抽出を行い、ｃDNAライブラリーを作成し、PCRを行っています 今、そのPCRでのサイクラーの条件設定に悪戦苦闘しています ファーストプライマーでPCRを行ったものはきれいなバンドが出るのですが、このPCR産物をテンプレートに行ったネスティッドプライマーでのPCRでは、目的の230bpの位置にバンドが出るのですが、バンドがを引くようになってしまいます この画像を使ってNIH Imageによって画像解析をおこないたいので、くっきりしたバンドを得たいのですが、どのような原因でこのようになるのか分かりません ネスティッドPCRのアニーリング温度は、61.4℃ではバンドがかなり薄くなり、61.1℃では200bpくらいにわたって尾を引く感じのバンドになります くっきりしたバンドを得るにはどのようにしたらいいのでしょうか？ アドバイスよろしくお願いします
- ベストアンサー
- 生物学
- 虫からのＲＮＡ抽出と確認方法
はじめまして。 ショウジョウバエからのRNA抽出、cDNA合成、PCRといった流れを行う予定です。 抽出キットを用いてＲＮＡを抽出したのですが、抽出されたかどうか確認したいと考えております。電気泳動で流した場合、抽出産物はバンドとして確認できるのでしょうか？抽出量が少なくて確認できない場合もあるのでしょうか？ また、バンドがでるとしたら、サイズはどのくらいに確認されるのでしょうか？ 初歩的な質問ですみませんが、ご教授の程、よろしくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学
- RNA抽出
RT-PCRで、各組織でのRNA発現量の定量、比較を行っています このPCRのときに、RNA抽出物にDNAのコンタミがないかどうかチェックするためにネガコンとしてｃDNA作成に利用したRNA抽出物を一緒にPCRを行っているのですが このRNA抽出物（吸光度で濃度が1,9）にもｃDNAのものと同じ位置にバンドが出てしまいます PCRのプライマーは、イントロンを２ヶ所はさむように設計しているので、RNA抽出物にこのようなバンドが出てしまうのが理解に苦しんでいます RNA抽出キットはキアゲン社のものを使っています 精製度が高いということなのでDNase処理は行っていません 脳、肺ではこのRNA抽出物ではバンドが出ず、発現が高いと思われる肝臓でバンドが見られる（２回RNA抽出を行って2回とも）ので、このことも関係しているのでしょうか？？ このバンドがなくなるまで定量はできないのでしょうか？ アドバイスをいただけたら幸です
- ベストアンサー
- 生物学
- ゲノムについての質問です
ゲノム実験の初心者です。 PCR実験中にコンタミしてしまったらしく、アガロース電気泳動でよくわからないバンドが出現しました。 コンタミが原因だとは思うのですが、みなさんは抽出したゲノムはどのようにして保存されてますか？ここでは冷蔵保存をしているのですが、抽出したゲノムは何日後くらいまで利用できるのでしょうか？
- ベストアンサー
- 生物学
- PCRでDNAが増幅されないのは・・
DNA断片をPCRで増幅し、電気泳動で検出する実験なのですが、「泳動バンドとして目に見えるほどまでは増えなかったサンプルでは、PCR反応中に何が起こっているか」という問いで、考えてもわかりません。どなたか教えてください。よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- mRNAにおける遺伝子の発現について
遺伝子実験初心者です。 mRNAにおけるとある遺伝子の発現レベルを調べる実験を行おうとしています。 リアルタイムPCRを行える環境でないため、次のように実験を行おうと思っています。 RNAの抽出→RNA量の測定→RT-PCRでcDNAを作製→目的遺伝子のプライマー＆ハウスキーピング遺伝子のプライマーを用いてそれぞれPCRにて増幅→電気泳動にてバンドの濃さを確認。 Aの細胞集団(1×10の6乗個)から抽出したRNAと、Bの細胞集団(5×10の6乗個)から抽出したRNAにおける、とある遺伝子の発現を比較したいのですが、両細胞から抽出したRNAをAとBで同量になるようにして実験を行えば、正しい比較ができていると言えますか？
- ベストアンサー
- 生物学
補足
説明不足で済みません。 とある理由で500bpがゲノムDNAとわかっているのですが、諸事情で現れた増幅産物の位置だけを根拠に書かなければならないんです。