質量分析計(MS)を用いたタンパク質の測定

質問

初歩的な質問で申し訳ありませんが、
質量分析計(MS)で、タンパク質の質量が分かるようですが、タンパク質の種類は数万種類以上あると記載があり、どの様にしてそれらが測定できるのかを教えてほしいのですが？
(1)数万種類以上のすべてのタンパク質の質量が既に既知状態で、それらとサンプルのタンパク質を
　同定する方法で決定するのでしょうか？
　素人的には未知のタンパク質があった場合、同定ができないと思うのですが？
(2)タンパク質は20種類のアミノ酸が鎖状に幾つも繋がったもので、その長さは多種と記載があります。
　だとすると、タンパク質の分子量は同じで、その構造が異なる場合などないのでしょうか？
(3)MSでは、タンパク質の分子量が僅差であっても正確にそのタンパク質の特定が可能なのでしょう
　か？

当方、実際に分析などは行ったことはなく、残念ながらNet上での知識程度しか御座いません。
ご回答のほど、宜しくお願い致します。

回答No.1

ki073 · ベストアンサー

＞タンパク質の分子量が僅差であっても正確にそのタンパク質の特定が可能なのでしょうか？
MSの種類にもよりますが、適正に校正されたものだと、１の桁までほぼ信用できます。
全部それでやれば良いかというと、ほとんどのタンパクは糖鎖がついており、それ込みの分子量になります。
この分野ではTOF-MSがよく使われていますが、タンパク程度の大きな分子量になると、思うようにイオン化できないことが多いです。これがもう一つ大きな問題です。
いろいろ条件を変えて信号がでる条件を探るのですが、信号が出たからからってちゃんと測定できているかは分からない、全然別のものを測定しているのかもしれない。結構デリケートな測定なのです。

タンパクより分子量の低いペプチドでは比較的容易に測定でき、こちらの方にはよく使われています。

お礼

大変有難う御座いました。
参考になりました。