年調で給与所得者の扶養控除等申告書を返されたら？
派遣で就業中のものです。
年末調整での「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の書類の扱いにつきまして
教えてください。
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出したのに返却されてしまい、
どう対処するのが正しいのかよくわからず困っています。
【経緯】
年末調整を受けるため、会社に
給与所得者の扶養控除等（異動）申告書および
社会保険料・各種保険控除の申告書、住宅借入金控除の書類等を提出しました。
住宅借入金の控除には、残高証明書と給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書を
提出したのですが、年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書が不足しており
提出を指示されました。
※過去に住宅借入金控除を何回も受けていますが、
その会社には本年中途で入ったため、控除証明書が必要だったようです。
こちらの書類が必要なことを知らず、税務署から発行もされていないため、
税務署に申告して取り寄せ手続きは取りましたが、
年末調整の締切に書類が間に合わないかもと判断し、
住宅借入金控除は自分で確定申告して、その他の社会保険料や生保などの
控除申請のみ年末調整をしてもらおうと考えました。
そのため、（もともと）医療費控除で確定申告もする予定があるので
住宅借入金関係の書類のみ返却をしてほしいと会社に伝えました。
すると、会社から、
確定申告では社会保険料や生保の控除などもあわせて申告することになっているので…
と、資料を全部返却されてしまいました。
確定申告で自分ですべて申告するのは全然構わないのですが、
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」まで返却されてしまいました。
こちらは全員提出することになっており、これを返却されたということは
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を未提出である扱いで処理されてしまうと思われます。
上記書類が未提出だとどうなるのかを調べたところ、
源泉徴収の計算利率が甲欄から乙欄に変更となり、
来年からの所得税控除額が大幅に上がってしまうようです。
現在甲欄適用となっており、来年以降も甲欄適用で源泉徴収されることを希望しています。
後々確定申告で戻ってくるとはいえ、乙欄適用で給与手取りが減っては困るため、
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を会社に再提出するべきと
考えていますが、この認識で合っているでしょうか？
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を返却されたのは
会社の単純なミスじゃないかと思っていますが、
確定申告をすると伝えたことで別の意図であえて返却されたのではないかと
不安を感じています。
確定申告は自分ですることは変わらないので年末調整はしてもらわなくてもよいのですが、
最低限所得税控除額を甲欄適用のままにしてもらうには、
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の再提出さえすればＯＫでしょうか？
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を再提出して、
最低限の年末調整もお願いしますと伝えるべきなのでしょうか？
また「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の提出を会社から拒否されるということは
あり得るのでしょうか？
現在就業先は1社であり、副業もしておりません。
もしくは、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を就業開始時に提出して、
特に変更がないことを会社が確認したので、返却されたということなのでしょうか？
週明けに会社に問い合わせますが、会社への伝えかたとかどうすればいいのか
不安があるため、皆様のご意見を頂きたくお願い致します。
お礼
ありがとうございます。参考になりました。