プラスミドDNAを電気泳動する時と吸光度測定した時との濃度差について。

質問

土壌に含まれる微生物を特定する研究をしており、PCRを行うために細菌よりプラスミドDNAを取り出し、取れたか確認のために電気泳動を行いました。
ゲルは、1％のアガロースゲルを用い、ゲル作成時に使用した溶液と電気泳動の際のバッファー溶液は1×TAEを使用しました。

1ヶ月ほど前にプラスミドDNAを抽出し、電気泳動を行い、エチジウムブロマイドで染色、紫外線を当て観察すると、23000bp付近にバンドが確認出来ました。
このときの濃度を吸光光度測定で計測すると、DNAの量は650μg/mlでした。

ところが最近、前回と同じ操作でDNA抽出をしたのですが、今回の場合、電気泳動を行い、エチジウムブロマイド染色をし、紫外線を当て観察すると、前回よりもバンドの蛍光は強くなっていました。
しかし、このときの濃度を吸光光度測定で計測すると、DNAの濃度は200μg/mlまで低くなっていました。

なぜ、このように電気泳動をした時の蛍光が強くなったにもかかわらず、DNAの濃度は下がってしまったのでしょうか？
マーカーの蛍光は、前回と同じように見えました。

また、このサンプルを用いてPCR操作を行う事は出来るのでしょうか？

本を調べ、アルカリや酸で加水分解されると核酸はモノヌクレオチドになり、260nmの吸光度は高分子核酸に比べて10～15％増加するという事は分かったのですが、これが決定的な原因では無いと思います。

原因の予想がつく方がいらっしゃるなら、教えていただけると幸いです。

回答No.3

am52 · ベストアンサー

御自分で調べられているように、プラスミドDNAは、閉環状、開環状、直鎖状の形を取りますので、それにより濃度があてにならないと指導教官からアドバイスを貰ったことがあります。
詳しく調べていないので分かりませんが、吸光度測定での濃度と、ラダーとの光り方から推測する濃度が一致しないのもそのためだと思っていました。

また、他の方も回答なさっているように、純度の問題・機器の問題もあると思います。

なので、私は濃度だけで言えばどちらかと言えば、電気泳動から推測される濃度の方をあてにしています。
ラダーとサンプルのアプライ量とバンドの輝き方から推測出来ますので、今後はそちらも見てみてはどうかと思います。

PCRについては、純度の問題もありますが大丈夫だと思います。
私は、クローニングの際にコンピテントセルからプラスミドDNAを抽出しています。
電気泳動の結果と、吸光度測定での濃度に差があるときでも十分使用できています。ただ、DNAのtemplate量が考えにくいだけで…。

RNase処理とプラスミドDNAの構造の関係は、申し訳ありませんがわかりません。

お礼

お礼が遅くなって申し訳ありません。

今のところ、閉環状、開環状、直鎖状の違いが主な原因と考えています。

アドバイス頂き、ありがとうございました。