- 締切済み
コンピテントセルを使わないSequence解析
hypertensiveの回答
- hypertensive
- ベストアンサー率37% (3/8)
大腸菌で増やさずにシークエンスの鋳型を作るシステムはあります。GEヘルスケアのTempliPhi DNA Amplification Kitです。 おもしろい原理でよくできた方法だと思います
関連するQ&A
- シーケンスの解析に使うclustalWでは何ができるんですか？基本的な
シーケンスの解析に使うclustalWでは何ができるんですか？基本的な質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 化学
- シークエンス解析について
シークエンスで元の配列と相同性を確認するのに皆さんどうやってやってますか？ ひとつひとつ見ながらやっていたら日が暮れませんか？ 1500kbpとかあったら大変です。
- ベストアンサー
- 生物学
- 遺伝子解析で（シーケンス反応）
細菌から抽出したDNAをPCRで数を増やしますが、次に行うシーケンス反応の時もPCRと同じように温度を変化させた反応サイクルを繰り返しますよね。この時蛍光マーカされたddNTPがくっついた伸長停止した色々な長さのDNAができると思うのですが、その色々な長さのDNAを作るために数十サイクルも反応行うのですか？PCRの時はDNAが増えますが、シーケンス反応の時はDNA自体は増えませんよね？その時伸長停止したDNAは熱がかかった時に再度解けてしまうことはないのでしょうか。 又シーケンス反応の終わったサンプルを洗浄乾燥し、再溶解して自動解析機（キャピラリ電気泳動）にかけますが、移動するDNAは伸長の止まった２重螺旋の状態で移動しているのでしょうか？ それと、解析結果が例えばＡ・Ｇ・Ｔだったとしたら、ddNTPのＡ・Ｇ・Ｔが付いていたという事でしょうかそれともddNTPのＴ・Ｃ・Ａがついていたという事でしょうか。 色々聞いてしまってすいません。
- ベストアンサー
- 生物学
- コンピテントセルについて
コンピテントセルの作製をしているのですが、各会社や注文した株によって大腸菌の種類って違いますよね？ 例えばDH５α、JM109、HB101みたいに・・・ それぞれの菌株に適応した培地ってあるんでしょうか？ 今は最も基本的なプロトコールに従って、LB培地で培養しています。
- ベストアンサー
- 生物学
- シークエンス解析
実験初心者でして分かりにくい質問であったなら申し訳ありません。大変初歩的な質問で恐縮です。 現在癌細胞を用いてシークエンスを行っています（ABI310）。PCRmixを作り、PCRをかけてDNAの増幅を確認して、その後PCR産物を100倍希釈してテンプレートDNAを作りプレミックス、プライマー、SDWを加えもう一度PCRをかけて、できたシークエンスPCR産物を精製しシークエンサーにかけ塩基配列を読み取る方法です。一回目のPCRではバンドは大変はっきりと見え増幅が確認できるのですが、シークエンサーで結果を見ると4色蛍光のうち、赤（T）のみほぼ真っ直ぐな波形でわずかにクネクネと山型をなしており、きれいな山型が出ません。他の3色についてはピークはそう高くはないのですが塩基配列は一応読み取れます。何度精製を念入りに行っても同じ結果で困っています。アドバイス頂ければ有難いです。
- 締切済み
- 生物学
- DGGEのシーケンス解析について
卒業研究で細菌群のDenaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)を行っています。 先日、主要なバンドの切り出しを行いシーケンス解析したところ、 複数のバンドから同一の細菌株の近縁種であるという結果が得られました。 1種類の細菌から主要なバンドが2本以上検出されることはあるのでしょうか？ この技術に詳しい方で理由をご存じの方、もしくはそれに関する考察の載った論文をご存じの方、教えていただければ幸いです。 ちなみに、前段階のPCRでは、プライマーセット：357f-GC、518rを使用しました。
- ベストアンサー
- 生物学
- 2つのシークエンスによる結果の違い
PCR後の精製産物をシークエンスするダイレクトシークエンスとクローニングしてプラスミド回収してからのシークエンスの2パターンで配列解析をしました。 するとダイレクトシークエンスはうまく読めたのですが、もう一方のシークエンスのほうは、配列を読めずNと表示されました。 一般的にダイレクトシークエンスは、うまく配列を読むことが困難だということを聞いたことがあります。 今回このような結果になったのは、たまたまなのでしょうか？ またダイレクトシークエンスの長所は、クローニングをしないので短期間でシークエンスが可能。短所は読めない配列が多いと聞いたことがあります。 そこでクローニング済みのシークエンスのほうの長短所って何なのでしょうか？ 回答よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- シークエンス反応について
シークエンス解析の際、 PCRで アニーリング５０℃、伸長６０℃の条件で行う必要があるらしいのですが、 なんででしょうか？ いろいろと調べたのですが、 わかりませんでした。 ご存知のかたよろしくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学
- ベクターとコンピテントセルの相性
大腸菌で組み換えサイトカインを作製しようとしています。 ベクターとコンピテントセルの相性というものはあるのでしょうか？ よろしくお願いいたします。
- ベストアンサー
- 生物学
お礼
ありがとうございます。早速調べてみます。