化学構造式を書くソフトについて

質問

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A2%E3%83%88%E3%83%AD%E3%83%94%E3%83%B3
↑こちらの「アトロピン」の構造式と
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%AA%E3%83%B3
↑こちらの「プロリン」の構造式では断然後者のほうが綺麗だと思うんです。
なので僕もどうせ書くならこんなデザインのいいものを書いてみたいです。いろいろなソフトがありますが、どれを使うと後者のように綺麗になるのでしょうか?

回答No.3

himajin1 · ベストアンサー

私も、化学屋の端くれです。
No.2 さん同様に、アトロピン　の構造のほうが見やすいと感じ、
逆に、プロリン　の構造式には生理的嫌悪感を覚えます。

綺麗　のポイントは人それぞれですが、有機化学のエリアの習慣に馴染んでいる人間としては、プロリン　表記の欠点が目立ちます。

我慢ならない点は、
１：Ｃ，Ｈ，Ｏ，Ｎ の Atom の表記が、全角文字　に見える
　　半角にしてよ！
２：Ｃ　や　Ｈを　いちいち表記するな　余計見にくい
３：全般的に　Bondの長さがラベルに対して短すぎ
４：右上の　Ｃ＝Ｏ　の二重結合の　二本線の間隔が離れすぎ

唯一、web的に綺麗かなと思えるのは、アンチディザ処理された、多諧調　png　ファイルである点。これも、web　だと思うから綺麗に思えるだけで、化学的には、白黒２値のディザ付き描写の方がわかりやすいと思います。

ちなみに、私が、本気で、web　素材としての、構造式を書くときは、ChemDrawで描画し、ｅｐｓファイルとして、保存し、 Illustrator で、eps　ファイルを開き、gif　に書き出します。

お礼

あの「プロリン」を例に挙げたのは出したのは僕のミスです。HやCのことで指摘されるだろうな～て思ってました笑
詳しく教えてくれてありがとうございます。
やっぱりIllustratorとかも使うんですね～。

回答No.4

anthracene

私も、他のお二人と同様、構造の描き方自体は前者の方が良い（というか一般的な描き方）と考えます。
炭素はいちいちラベルを表記しませんし、水素は省略します。

線の長さ・太さ、フォントをどうするかは個人の自由なので、趣味で選んでください。

私の個人的感覚では、後者の設定の方がきれいだと感じます。
これは全角フォントなわけではなく、論文で一般的なHelveticaかArialを選んだのだと思います。
ラベルと結合の間がスペース開きすぎなのは変ですが。
逆に前者は結合が長く、ベンゼン環が大きいため、ダサいと感じてしまいます。

もっとも、以上のことは個人の好みの問題なので、議論しても水掛け論ですから、質問者さんの自由にしてください。

ソフトごとに設定法は異なりますが、フォントの大きさ・種類は簡単に変えられますし、結合の描く長さや太さ、ベンゼン環および他の環構造の大きさはいろいろいじることができると思いますから、自分で見て”これだ”という設定を見つけてみてください。
なんだか良く分からん、という場合は、私がNo.1で書いたように、どこかの学会の設定に従う、あるいは先輩・ご友人の設定を拝借すればよいでしょう。

お礼

投稿してから気づいてたんですが、僕もそう思いました。「プロリン」じゃなくてもっとふさわしいものを例に挙げればよかったなって思ってます。
ありがとうございました。

回答No.2

noname#62864

有機化学屋が書くとしたら、後者のようなものは書きません。間違いなく前者のように書きます。いちいち水素を書いていたのでは手間がかかってどうしようもありません。
数万円を投資するつもりであれば、ChemDrawがスタンダードでしょうが、無料ですませたいなら、ISIS-Draw,ChemSketch,KnowItAll,XDrawChemなどがありますし、探せばもっとあるでしょう。
ただし、出来上がりはその設定によって決まります。ソフトによって使い勝手は違っても、出来上がりは大差ないでしょう。線の太さ、長さ、結合の間隔、結合と元素記号の間隔etc数多くの設定がありますのでいろいろ試してみて下さい。

なお、前述のように有機化学屋は基本的に水素は省略しますので、標準の設定で後者のような構造式がかけるものはないでしょう。おそらくは、水素を１個ずつ付け加えなければならないと思います。

お礼

はい笑。なんでこんなＨやＣばっかりのものを例に挙げたんだろうと反省してます笑。
ソフトの設定を変えればよさそうですね。いろいろやってみようと思います！

回答No.1

anthracene

私はChemDrawを使っていますが、このソフトでも、設定を変えればダサい絵になったり、きれいな絵になったりもします。
線の太さ、結合の長さ、フォント、などなど。

IsisDrawなどほかのソフトについては良く知りませんが、ChemDrawでもデフォルト状態で描くと、原子ラベルが小さいしベンゼン環がでかいしで、私的にはかっこわるい絵になってしまいます。

たぶん、後者の絵はChemDrawで、アメリカ化学会の描画フォーマットを使ったのではないかな、と思います。別にこのフォーマットを使わなくても、上述したように設定を自分でいじってもこのような絵は描けますが。

お礼

さっそく回答いただき、ありがとうございます。
他の方もおっしゃるように、フォントとかの設定を変えればよさそうですね。