植物のDNA電気泳動

質問

先日、実験で２種類の植物のＤＮＡ簡易抽出をし、電気泳動し、100bp～1000bp（100bp刻み）のDNAサイズマーカーを使用して、その植物のバンドサイズを測定しました。
その結果、２種類の植物のバインドサイズは5～10bp程度しか差がなく、バンドサイズの読み取りが大変困難でした。
どのような工夫をすれば、バンドサイズの読み取りを明確に出来るのでしょうか？

また、実験はコンタミネーションに十分気をつけながら行いました。もしも、DNAの抽出の段階で２種類の植物のＤＮＡがコンタミネーションしてしまったら、その場合に検出されるＤＮＡ電気泳動画像（ＤＮＡバンド画像）はどうなるのでしょうか？

自分でも調べましたが、参考になるような内容が見つかりませんでした。
解答してくれる方がいらっしゃいましたら、お願いします。
また、参考URLなどでもかまいません。
お願いします。

回答No.2

gori8063

実験操作がわかりません。説明不足です。＃１さんがご指摘のように制限酵素で切ったのか、それともゲノムDNAをそのまま流したのかによって全然違います。

そもそも、ゲノムDNAを流してバンドとして見えることはほとんどないんですけれど。。。

学生さんであればきちんとスタッフや教授などに相談してから実験してくださいね。時間と研究費のムダになりますから。学生実験であれば、実験助手に聞きましょう。学生実験の場合は教育的な効果があるのでこういった失敗でもムダにはならないですけどね。

補足

解答していただいた方には申し訳ありませんが、質問内容を間違えて記入していた箇所がありました。その箇所を訂正＆詳しく記載しました。

実験で２種類のイネのＤＮＡ簡易抽出をし、電気泳動し、100bp～1000bp（100bp刻み）のDNAサイズマーカーを使用して、そのイネのバンドサイズを測定しました。その結果、２種類のイネのバインドサイズの差が5～10bp程度しか差がなく、バンドサイズの読み取りが大変困難でした。
どのような工夫をすれば、バンドサイズの読み取りを明確に出来るのでしょうか？
ちなみに、DNAは制限酵素できりました。

もしも、DNAの抽出の段階で２種類のイネのサンプルがコンタミネーションしてしまったら、その場合に検出されるＤＮＡ電気泳動画像（ＤＮＡバンド画像）はどうなるのでしょうか？

説明不足でしょうか？
実験内容の説明は、私には難しいです。

回答No.1

mm001

ＤＮＡを制限酵素で切っていますか？　切っていなくて、きれいに取れているならば、1000bpよりかなり大きい位置に泳動されるはずです。この場合は、大きさはあてになりません。
　制限酵素で切ったならば、酵素にもよりますが、6塩基や４塩基認識の酵素で切ると、スメアーなバンドになり、きちっとサイズは判らないはずです。ただ、一部の制限酵素で、リピート配列を切ると、バンドが見える事があります。
　制限酵素で切らない場合、２種のＤＮＡが混ざっても、みかけは区別不能です。