RNA純度の算出 理想値より高い場合は？

質問

肝臓から単離したRNA試料のコンタミを調べるため、230、258、280nmにおける吸光度を測定し、

　OD258/OD230
　OD258/OD280

の比を計算してみたのですが、ある試料でOD258/OD230の値が6.8になってしまいました。他の試料では理想値の1.8～2.0付近の値がでました。

258/280値は理想値の範囲内だったので、258/230値が高いということは、糖がほとんど存在しないのだろうかと推測しました。ただひっかかったのは、
「核酸の純度が高ければ、この数値が1.8～2.0になる」という記述です。これより低いとコンタミが考えられる、では高いと問題はあるということでしょうか？

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

フェノールの持ち込みによって、OD258とOD280が底上げされている可能性があると思います。
フェノールの吸光ピークは270 nm前後なのに対し、230 nm付近の吸光はほとんどありません。

これが原因だとすると、実際のRNA量より多く見積もられていることになります。

クロロフォルムで抽出したり、エタノール沈殿を行うことでフェノールの除去をはかってみてはどうでしょうか。

補足

フェノールが混入すると、RNA濃度の結果に大きく影響するんですね。参考になりました、ありがとうございます。

イソプロで沈殿させて、そのあと75％エタノールで10分程度室温において洗浄したのですが、これでは十分にフェノールが除去されていないのでしょうか？

回答No.2

geneticist12

他のサンプルでは妥当な値が出ていたようですので、なんらかのハンドリングエラーやアクシデントで、そのサンプルだけ多量のフェノールをキャリーオーバーしたのかもしれません。

通常はプロトコールどおりにアルコール沈殿すれば十分除けます。