RNA純度の算出 理想値より高い場合は？
- RNA純度の算出方法として、肝臓から単離したRNA試料のコンタミを調べるために、230、258、280nmにおける吸光度を測定します。
- OD258/OD230とOD258/OD280の比を計算することで、試料の純度を評価します。
- 通常、OD258/OD230は1.8～2.0の範囲内であることが理想とされていますが、一部の試料ではOD258/OD230が6.8になる場合があります。高い値は糖類の存在が少ないことを示唆しており、核酸の純度が高いことを意味します。ただし、この数値が理想値よりも高い場合には何か問題があるのかについては明確な結論が示されていないため、さらなる検討が必要です。
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RNA純度の算出 理想値より高い場合は？
肝臓から単離したRNA試料のコンタミを調べるため、230、258、280nmにおける吸光度を測定し、 OD258/OD230 OD258/OD280 の比を計算してみたのですが、ある試料でOD258/OD230の値が6.8になってしまいました。他の試料では理想値の1.8～2.0付近の値がでました。 258/280値は理想値の範囲内だったので、258/230値が高いということは、糖がほとんど存在しないのだろうかと推測しました。ただひっかかったのは、 「核酸の純度が高ければ、この数値が1.8～2.0になる」という記述です。これより低いとコンタミが考えられる、では高いと問題はあるということでしょうか？
- puchi_suzuran
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フェノールの持ち込みによって、OD258とOD280が底上げされている可能性があると思います。 フェノールの吸光ピークは270 nm前後なのに対し、230 nm付近の吸光はほとんどありません。 これが原因だとすると、実際のRNA量より多く見積もられていることになります。 クロロフォルムで抽出したり、エタノール沈殿を行うことでフェノールの除去をはかってみてはどうでしょうか。
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- geneticist12
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他のサンプルでは妥当な値が出ていたようですので、なんらかのハンドリングエラーやアクシデントで、そのサンプルだけ多量のフェノールをキャリーオーバーしたのかもしれません。 通常はプロトコールどおりにアルコール沈殿すれば十分除けます。
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