このご質問に答えるには、おやりになるCGのクオリティや、そろえる機種の価格、さらに動画・静止画の別といったことを考慮しなければなりません。
最新のマックG4の500MHzとWindows2000でペンティアム3500MHzを2個積んだDOSマシンを比べて、フォトショップで加工した場合、多分、人間が判断できる性能の違いはないと思います。その際、マックなら50万近い金額がかかりますし、DOSマシンを自作なら30万円程度です。ビデオボードも同じようにピン・キリですが、選択肢の広いDOSマシンの方が今では優れているといえるかもしれません。
全体的な評価とすれば、ボードやCPUの再利用などの点からみると、もうDOSマシンの方が上かもしれません。
もっとも、本格的にCGをやるのであれば、マックやDOSを比較するのではなく、シリコングラフィックなどの専用機を使うことになると思います。