αヘリックス構造のアミノ酸配列

質問

αヘリックス構造のアミノ酸配列だけをデーターベース等から比較的大量に取得したいのですが
どのようにすればよいでしょうか？

回答No.1

ki073 · ベストアンサー

ヘリックス配列だけを集めたデータがあっても良さそうなのですが、見たことはありません。

どの程度の量が必要なのかでやり方が変わってきますが、手で集められる程度でよければ、
http://www.pdb.org/pdb
で適当なキーワードで検索して、PDBデータを表示させます。Sequeceタブをクリックすると、配列と二次構造が表示されますので、HELIX部分をコピーして配列を集めることが可能です。

大量に集めるということになると、プログラムを作成する必要があります。
公開されている全PDBファイル(PDBML形式)をダウンロードできますので、こちらではそれを使っています。
http://pdbj.org/info/archive
それをRubyなどのプログラム言語を使って全ファイルから構造情報を収集しています。

もっと手軽な方法があるかもしれませんがわかりません。

お礼

お礼が遅くなってしまって申し訳ありません。
なるほど！簡単なプログラムで実行できそうなので試してみます。(計算時間が読めませんが…)
ありがとう御座いました。