源泉所得税の計算に非課税交通費が含まれていました

質問

こんにちは。
私は入社半年で、従業員10人ほどの会社で給料計算を担当しています。25年1月より所得税率が変更になったのですが、これまでの率でしか計算できない古い給与ソフト（ここではＡとします）を使い続けることになりました。そこで今まで自動算出できていた所得税を手入力することになったのですが、その際いくつか気になる点が見つかりました。

１．給与ソフトが、非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた（入力箇所は非課税交通費と課税交通費にきちんとわかれています）。つまり明細上では非課税交通費に金額が出ているが所得税を計算するうえで課税扱いになっているました。もちろん源泉徴収票もその額で作成されています。
２．古い給与ソフトＡの前はＢの給与ソフトを使用していたが、その時も非課税の交通費を含めたうえで所得税が計算されている。少なくとも前任者が給与計算をしていた間ずっとその計算方法だったようです。
３．交通費に関する法律改正のあった平成24年1月以降も、通勤距離にかかわらずどの従業員も交通費は非課税扱いでした。

私が給与ソフトを過信しすぎて放置していたのも悪いのですが、何年も前から所得税の算出方法が間違っていたと思うと、今更訂正する気になりません。しかし同時に自己嫌悪に陥ってしまいます。どうすることが一番いいのでしょうか。それとも上記１～３は職場によっては認められるやり方なのでしょうか？

ちなみに、給与計算にかかわっているのは私だけで、社長は私に任せきりになっています。
どなたかアドバイスをお願いいたします。

回答No.8

jimuin3

いつでも勝手に再年末調整していいと思い込んでる方へ

６　年末調整後に給与の追加払や扶養親族等の異動があった場合の再調整
(1)　年末調整後に給与の追加払があった場合
　　年末調整が終わった後、本年中に本年分の給与を追加して支払うこととなった場合には、この追加支
給額を先の年末調整の対象となった給与の総額に加えて年末調整のやり直しをすることになります。
　　しかし、翌年になってから給与の改訂が行われ、本年にまで遡って支給されることになった場合の新
旧給与の差額は、その給与の改訂が行われた年分の所得となりますから、本年分の年末調整をやり直す
必要はありません。
(2)　年末調整後に扶養親族等の数が異動した場合
　　年末調整が終わった後、本年中に結婚して控除対象配偶者を有することとなったり、子が結婚して控
除対象扶養親族の数が減少した人などがいる場合には、これらの異動事項の申告を受け、その異動後の
控除対象配偶者や控除対象扶養親族の数などを基にして年末調整のやり直しをすることができます。こ
の年末調整のやり直しができるのは、「給与所得の源泉徴収票」を受給者に交付することとなる翌年１
月末日までです。
(3)　年末調整後に配偶者特別控除の適用を受けた配偶者の所得の見積額に差額が生じた場合
　　年末調整が終わった後、配偶者特別控除の適用を受けた配偶者の合計所得金額の見積額と確定した合
計所得金額に差額が生じたことにより、配偶者特別控除額が変動する場合には、異動後の状況により、
年末調整のやり直しをすることができます。この年末調整のやり直しができるのは、「給与所得の源泉
徴収票」を受給者に交付することとなる翌年１月末日までです。
(4)　年末調整後に保険料を支払ったような場合
イ　年末調整が終わった後、本年中に生命保険料や地震保険料などを支払った人がいる場合には、保険
料控除申告書によって申告を受け、その異動後の状況により保険料控除額を再計算し、これを基にし
て年末調整のやり直しをすることができます。この年末調整のやり直しができるのは、「給与所得の
源泉徴収票」を受給者に交付することとなる翌年１月末日までです。
ロ　また、社会保険料のうち国民年金の保険料若しくは国民年金基金の掛金、小規模企業共済等掛金、
新生命保険料、旧生命保険料（１口９，０００円を超えるもの）、介護医療保険料、新個人年金保険料、旧
個人年金保険料、地震保険料及び旧長期損害保険料について、翌年１月末日までにその証明書類を提
出することを条件として年末調整を行った場合で、その証明書類がその期日までに提出されないとき
は、それらの保険料を除いたところで生命保険料控除の額や地震保険料控除の額などを計算して年末
調整のやり直しをし、不足額を徴収することになります。
(5)　年末調整後に住宅借入金等特別控除申告書の提出があった場合
　　年末調整が終わった後、給与所得者から住宅借入金等特別控除申告書の提出があった場合には、その
申告を基にして年末調整のやり直しをすることができます。この年末調整のやり直しができるのは、「給
与所得の源泉徴収票」を交付することとなる翌年１月末日までです。

以上のように年末調整の手引きにも明確に記載されています。
ちゃんと読めば追徴となる場合以外は全て1/31までしかできない事がよくわかりますね。

参考URL：

http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2013/pdf/h25nencho_all.pdf

回答No.7

hinode11

No.１です。

「年末調整は1/31までしかできません」
例外として「追徴」になる場合のみ、期限後の年末調整が認められています。
ご質問は過納の状態であるので「勝手に再年末調整はできません」ご注意下さい。

という回答がありますが間違いです。

所得税法、同政令及び同省令に年末調整のやり直しを禁じる規定はありません。また、やり直しの期限を定めた規定もありません。所得税基本通達は、国税庁の法令解釈に過ぎません。法令としての権威はありません。国税庁タックスアンサーに至っては、法令としての権威がないどころか法令の解釈ですらありません。

法令に沿って年末調整しなかったのだから、やり直すのが正しい姿勢ではありませんか。それが常識であり、慣習です。しかも国民（社員）の権利が侵害された（＝所得税が過大に徴収された）状態なのだからなおさらです。

だいいち、社員が確定申告で所得税の還付を受けるためには正しい源泉徴収票が必要になります。正しい源泉徴収票には正しい給与「支払金額」が書かれるからです。過去に社員に交付した源泉徴収票には、非課税の交通費を含んだ過大な給与「支払金額」が書かれているのです。

回答No.6

jimuin3

既出回答に「H24年分は再年末調整する」とありますが「年末調整は1/31までしかできません」。

ただし、例外として「追徴」になる場合のみ、期限後の年末調整が認められています。
ご質問は過納の状態であるので「勝手に再年末調整はできません」ご注意下さい。

正しい処理としては、税務署に詳細を相談し判断を仰ぐ事ですが、それも多くの回答にあるように社長の判断の下に行なうべき事柄です。
そして税務署に「再年末調整せよ」と言われた場合のみ年末調整のやり直しができます。
もしかすると正しい源泉徴収票を作成して個別に確定申告や修正申告をするべきかもしれません。

質問を読む限り、貴方の責任ではありませんし、間違いは気付いた時に修正すれば良いだけです。
（修正できる手段は用意されているものです）
ままり気にせず粛々と事を進めれば良いだけだと思いますよ。

回答No.5

noname#212174

Q_A_…です。
お礼いただきありがとうございます。

＞…非課税交通費の初期設定を確認したところ、「所得税計算をするうえで非課税扱いにする」というチェック項目があり…

なるほど、「バグ」ではなく、そういう選択ができるのですか。

しかし、よく分からない設定ですね。
「課税扱い」にした時の「試算用」でしょうか？それとも私が知らない使い方があるのでしょうか？
残念ながら、よく分かりません。

回答No.4

noname#212174

長いですがよろしければご覧ください。

＞どうすることが一番いいのでしょうか。

※回答の前に、いくら古いソフトとはいえ、「非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた」というような、「素人が作ったようなバグ」があることが、にわかには信じられないのですが、ご質問の趣旨とズレますのでその点は不問といたします。

「事務処理の間違い」はあって当たり前のものです。
それが、たまたま「通勤手当の課税処理の誤り」だったということです。
今後も、「間違い」は発生する前提で業務を行う必要がありますので、今回のことを機に「間違いに気付いた時の対応」について「社長」とよく話し合っておくことをお勧めします。

原則的なことを言えば、社員のミスは「会社」のミス＝「社長の責任」です。
ですから、「自分で何とかできる」からといって、「社長への報告」を怠ると、「社長は社内の問題を把握できなく」なり、「社長が問題を把握できるのは、社員の能力超えた問題が発生した時のみ」となってしまいます。

また、社員自身も、「自分で何とかなった」ので、その後も同じように対処するようになり、「手に負えない問題で無理をし、問題をこじらせて社長が把握」ということになりがちです。

このようなことはいわば常識ですから、まともな社長なら理解できることです。

今回「半年」で発見できたのは、「運が良かった」と前向きに考えて、今後の反省材料にすれば良いことです。
また、yummyomnibusさんが、前任者の事後処理をすることにはなりますが、yummyomnibusさんがその責任まで感じる必要はありませんし、「間違いを発見した」ということは、評価されこそすれ、非難されるべきことではありません。

まずは、包み隠さず「社長」に報告してください。

こういうイレギュラーな対応こそ経験が問われますので、「自分ではなんともならない」と思えば、「（経験豊富な）税理士、会計士」に相談するのが良いですが、それがかなわなければ、「国税は税務署」「地方税は自治体」へ相談すれば良いでしょう。

税務官庁は、様々なケースに対応しているわけですから、（対応した職員さんにもよりますが）「有効なアドバイス」を受けられるでしょう。
今回は、「納税額が不足」しているわけではありませんから、その点は気が楽かと思います。

※ご存知のように、今は「（個人の）平成24年分の申告相談」が最優先の体制になっていますから、相談の時期はずらすべきでしょう。

＞それとも上記１～３は職場によっては認められるやり方なのでしょうか？

「非課税扱い」で処理しているなら、税額計算からは除外するという原則が変わることはありません。

（参考情報）

『国税に関するご相談について』
http://www.nta.go.jp/shiraberu/sodan/denwa_soudan/index.htm
『納税者支援調整官を設置している国税局・税務署のご案内』
http://www.nta.go.jp/soshiki/kokuzeicho/kiko/nozeishashien/index.htm
『税務署が親切』
http://blog.livedoor.jp/stock_value/archives/50363449.html

お礼

ご回答ありがとうございます。

＞※回答の前に、いくら古いソフトとはいえ、「非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた」というような、「素人が作ったようなバグ」があることが、にわかには信じられないのですが、ご質問の趣旨とズレますのでその点は不問といたします。

現在のソフト（Ａのソフト）で非課税交通費の初期設定を確認したところ、「所得税計算をするうえで非課税扱いにする」というチェック項目があり、そこにチェックはついていませんでした。法律で決まっているのにもかかわらず、オプションみたいに項目の課税・非課税をユーザーに選択させるとはどういったことかと思いました。ひとつ前のＢのソフトでもそのような設定があったのかはわかりません。

とにかく、報告しようと思います。
参考情報のアドレスも参考に、税務官庁への相談も視野に入れようと思います。

回答No.3

sadami10

私もそのような経験をしたことがあります。過ぎ去った事を遡及して改めるのは，ごちゃごちゃになってかえって面倒です。私は例えば交通費１ヶ月２万円支給が間違いであれば，１万円に訂正（修正）しただけでした。
以前は例えばマイカーで１ヶ月１０万円までは非課税で１０万円を超えた部分が課税扱いでした。又はグリーン料金等が課税扱いでした。

それがＨ２５年１月より変更になったのなら，ここから新しい給与計算をした方がよいと思います。今更訂正（修正）しても，間違えのそのまた間違えの元になるのでＨ２５年１月分から訂正でよいと思います。もしなにかあった時のために理由と遡及できるまでの詳細があればよいと思います。

何処の社長でも給与計算は出来ないし解りません。寧ろ担当者が詳しいのです。それにしても前任者の間違いを発見したときは嫌なものです。でも最善を尽くしてください。証憑書類は仕訳処理の際の物で５年間，労務関係は７年間保管ですので，これをしっかりしていれば，理由がたちます。参考にしてください。

お礼

ご回答ありがとうございます。

＞今更訂正（修正）しても，間違えのそのまた間違えの元になるのでＨ２５年１月分から訂正でよいと思います。

確かにそうですね。正しい源泉徴収を心がけたいと思います。私もそのためには給与計算に精通しないといけないなとおもいます。

回答No.2

minosennin

年末調整はどうなっていますか。
年末調整が正しければ結果OKで何も問題なし。

もし、年末調整も間違ったままなら、過年度の正しい年税額を計算してみてどれくらいの差額があるかを把握する。
その上で間違いの生じた事情と差額の数字を社長に報告しその判断を仰ぐ。

社長がそのままと判断されればそれで終わり。
もし、社長が修正処理を指示されたら所轄税務署で処理方法の指導を受ける。

私が質問者さんの立場なら以上のようにします。

これは担当者個人のミスであると同時に会社のミスですから、一人で判断せず社長に報告してその指示を仰ぐべきです。

お礼

ご回答ありがとうございます。

うちの会社では源泉徴収簿を手書きで管理しています。それをもとに年末調整を行う形をとっています。源泉徴収簿は給与明細から転記しており、確認したところやはり非課税の交通費を含んで所得税を計算し、源泉徴収票も作成されていました。

給与計算ソフトを導入していながら、半分手作業です。源泉徴収票も手書きで発行しています。給与ソフトの数値を何も考えずに転記するくらいなら、最初から完全な手作業で給与計算を行ったほうがいくらかましなのではないかと思います。

回答No.1

hinode11

＞どうすることが一番いいのでしょうか。

大変でしょうが、担当者であるあなたが源泉徴収事務の正常化を図るべきでしょう。

１．先ず、社長に、前任者の誤りを報告します。
２．次いで社長に「前任者の誤りがあったために昨年（平成24年の給与所得）の年末調整も間違ってしまったので、年末調整をやり直します。やり直すと、総ての社員の源泉所得税を還付することになります。また、既に社員に渡した源泉徴収票を回収して正しい源泉徴収票を再交付します、と報告します。
３．社員に対しても同じ説明をして下さい。

そして年末調整をやり直して下さい。これが一番良い方法です。

しかし次善の方法としては、昨年（平成24年の給与所得）の年末調整をやり直さないでそのままにしておき、今年の給料から正しい源泉徴収を行う、という方法もあり得ます。どちらにするか、考えて下さい。

＞それとも上記１～３は職場によっては認められるやり方なのでしょうか？

いいえ。認められません。

なお、平成23年以前については、あなたの責任ではないので、社長の指示に従って下さい。年末調整をやり直して正しい源泉徴収票を再交付するのかどうか、社長の指示を仰いで下さい。社長が、やり直さなくて良い、放っておけ、と言ったらやめておきましょう。

お礼

ご回答ありがとうございます。

やはり年末調整のやり直しが最善のやり方なのですね。正しい源泉徴収をすることは会社にとっても従業員にとっても重要なことですので、かなり責任の重い仕事だと改めて痛感しました。だからこそ誤りなどあってはならないのですが・・・
それに前任者がベテランだった、ということもあり、まさか間違っているはずがないと過信していました。自分も、自分自身の経験不足からくる給与ソフトの過信によりミスをしていたということはショックなことでした。