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openMPによる並列化についての質問
ki073の回答
- ki073
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No.1の補足について まず外側のforのindiv1の値がどう変わっていくか見てみます。 indiv1=list->next_indiv; 最初の値 indiv1=indiv1->next_indiv; 二回目の値 indiv1=indiv1->next_indiv; 三回目の値 (略) の様にindiv1の値が変わっていきますよね。 それ例えばindiv[]という配列を用意しておき（No.1ではindiv0と書きましたが気が変わったのでindivにしました） indiv1=list->next_indiv; 最初の値 indv[0]=indiv1; indiv1=indiv1->next_indiv; 二回目の値 indv[1]=indiv1; indiv1=indiv1->next_indiv; 三回目の値 indv[2]=indiv1; の様にindvに代入をしておきます。これは質問欄の外側のforの前にやっておきます。ここではindivに代入する以外のことはやりません。 (indivの領域を予め確保しておく必要がありますが) その後で、 質問欄の外側のforに入ります。その時にはindiv1の値が全て決っていますので、 for(i=0; i<n ; i++){ sum = 0.0; for(j=0; j<n; j++){ sum += weight( distance(indiv[i], indiv[j]) ); } indiv[i]->local_density = sum; } のような感じになるように思いますが。 (indiv2もindiv1と同じ値をとりますよね) nはindivの有効なデータの大きさですが。
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#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <math.h> #include <time.h> #include "dSFMT.h" #include <sys/time.h> #include <omp.h> #define T_END 100 #define BIRTH_RATE 1.0 #define DEATH_RATE 0.1 #define ALLEE_EFFECT 0.5 #define T_DENSITY 10.0 #define PROPAGULE_SIZE 5 #define SD_INTERACTION 1.0 #define SD_DISPERSAL 1.0 struct timeval start_timeval,end_timeval; int getutimer (struct timeval *start,struct timeval *end) { return ( ((int)end->tv_sec - (int)start->tv_sec)*1000000+((int)end->tv_usec - (int)start->tv_usec) ); } /* Properties of an individual */ typedef struct individual { double x, y, local_density; struct individual *next_indiv; }INDIVIDUAL; void calc_local_density(INDIVIDUAL *); double birth_rate(double); double death_rate(double); void birth(INDIVIDUAL*); void death(INDIVIDUAL*); void dispersal(INDIVIDUAL*); void display_list(INDIVIDUAL*); void write_to_file(INDIVIDUAL*, int, double, double); INDIVIDUAL *make_new_indiv(); INDIVIDUAL *add_next_indiv(INDIVIDUAL*); double weight(double); double distance(INDIVIDUAL*, INDIVIDUAL*); double sqr(double); int number_of_indivs(INDIVIDUAL*, double*, double*); dsfmt_t dsfmt; FILE *fp; int main(){ int seed; INDIVIDUAL *list_head, *indiv; int i, t; double xcenter, ycenter; gettimeofday(&start_timeval,NULL); seed=(long)time(NULL); dsfmt_init_gen_rand(&dsfmt, seed); fp = fopen("output.dat","w"); list_head = make_new_indiv(); indiv = list_head; for(i=0; i<PROPAGULE_SIZE; i++){ indiv = add_next_indiv(indiv); indiv->x = 0.0; indiv->y = 0.0; indiv->local_density = 0.0; } write_to_file(list_head, 0, 0.0, 0.0); for(t = 1; t <= T_END; t++){ dispersal(list_head); death(list_head); calc_local_density(list_head); birth(list_head); printf("Time = %d, Population size =%d\n", t, number_of_indivs(list_head, &xcenter, &ycenter)); write_to_file(list_head, t, xcenter, ycenter); } time(&time2); gettimeofday(&end_timeval,NULL); printf("%d %d, %d\n", time1, time2, time2 - time1); //?? printf("マイクロ秒:%d \n",getutimer(&start_timeval, &end_timeval)); return 0; } ・ ・ ・ ・ int number_of_indivs(INDIVIDUAL *list_head, double *xcenter, double *ycenter){ int count = 0; double xsum = 0.0, ysum = 0.0; INDIVIDUAL *indiv; for(indiv = list_head->next_indiv; indiv != NULL; indiv = indiv->next_indiv){ xsum += indiv->x; ysum += indiv->y; count++; } *xcenter = xsum/(double)count; *ycenter = ysum/(double)count; return count; } をopenMpにしたいのですがなかなか上手くいきません。 人口のシミュレーションなのですが、人が増えるたびに計算回数が増えるのでなんとかしたいのですが・・・ すべてのソースコードを記載ようとしたのですが、文字制限で載せられませんでした・・・ どうかお助けください。。 よろしくお願いいたします。
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#include<stdio.h> #define N 5 struct MEMBER{ int no; char name[8+1]; int run; int jump; int power; int sum; double avg; }; void Calc_Sum(struct MEMBER *data) { data->sum=data->run+data->jump+data->power; return(0); } void Calc_Avg(struct MEMBER *data) { data->avg=data->sum/3.0; return(0); } void Display_Data(struct MEMBER data) { printf("---判定---\n"); printf("背番号:%5d\n",data.no); printf("名前:%5s\n",data.name); printf("走力 :%5d 点数\n",data.run); printf("跳躍力:%5d 点数\n", data.jump); printf("筋力 :%5d 点数\n", data.power); printf("総計 :%5d 点数\n", data.sum); printf("平均 :%5.1f 点数\n", data.avg); return(0); } int main(void) { int i; struct MEMBER member[N] ={{51,"イチロー",95,95,80,0,0}, {55,"松井秀喜",70,80,90,0,0}, {18,"松坂大輔",75,75,80,0,0}, {18,"黒田博樹",80,85,85,0,0}, {19,"上原浩治",85,85,85,0,0}, }; struct MEMBER *p=member; /*総計の算出*/ for(i=0;i<N;i++) Calc_Sum(p+i); /*平均の算出*/ for(i=0;i<N;i++) Calc_Avg(p+i); /*結果の出力:*/ for(i=0;i<N;i++) Display_Data(member[i]); return(0); } 以上のようなのc言語をつくりました。 他に関数を２つ使用しなければならないのですが アドバイスよろしくお願い致します。
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補足
ki073さんありがとうございます！！ 理解することができました♪ 時間が掛かってしまい申し訳ございません。・。 で、書いてみたのですが void calc_local_density(INDIVIDUAL *list){ INDIVIDUAL *indiv1, *indiv2, *indiv[9990000]; double sum; int i,j; float count; count=0; indiv1=list->next_indiv; for(i=0; indiv1; i++){ indiv[i]=indiv1; indiv1=indiv1->next_indiv; count++; } for(i=0; i<=count; i++){ sum = 0.0; for(j=0; j<=count; j++){ sum += weight( distance(indiv[i], indiv[j]) ); } indiv1->local_density = sum; } } 「セグメンテーション違反です」といわれてしまいました(~_~;) 配列がいけなかったのでしょうか？？