核DNAと葉緑体DNA…

質問

難しい質問かもしれませんが…
葉緑体は核DNAとは異なる独自のDNAを持っていますよね。光合成に関する酵素で4つのサブユニットからなるものがあるのですが、それぞれのサブユニットが核と葉緑体どちらのDNAによって合成されているのかの知るにはどうしたらいいのでしょうか。

回答No.2

dora1

主に実験方法，検索方法でも可，というお答えをいただき，やる気のある，しかしちょっと初心者，という位置づけの方と勝手に想像してお答えします．参考に成らないレベルだったらごめんなさい．

１．検索するなら，主に，a. インターネット検索か，b. 文献検索か，c. 遺伝子検索か，といったところになるでしょう．
たとえば，a.では，googleで，「ribulose-bisphosphate carboxylase」や「RUBISCO サブユニット 由来」などで検索すると，例えばこんなページがいっぱいでてきます．
http://www.sci.himeji-tech.ac.jp/life/biophys1/shibach/photosynth.htm

ただ，これだと，いろいろな情報はでてきても，そこからもとの論文までたどりににくいのが欠点です．おおもとの論文を探すには，やはり文献データベースを探す（b.）のがよいでしょう．とりあえず，PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
あたりで，ribulose-bisphosphate carboxylaseで検索します．1571件ありました．おそらく細胞核由来か葉緑体由来かについては，80年代前半までには調べられているでしょうから，古めのところを中心にキーワードを追加してしぼりこみます．ただ，自力でデータベースにぶつかってもうまくしぼれないことがありますね．そういうときは，誰かが関連事項をまとめてくれているのを当てにして，総説（review）を探します．キーワードに，「review」を追加します．学術的な色の濃い総説なら，ちゃんと引用文献が記載されているはずですので，それをあてにするわけです．99件．たくさん引っかかってきて，日本語の総説もありそうなら，「Japanese」を追加して日本語の総説にしぼっちゃったりすると強欲でよいと思います．7件．例えば，以下など．

Tanpakushitsu Kakusan Koso. 2000 Feb;45(2):105-7. PMID: 10667064
Seikagaku. 1996 Aug;68(8):1445-8. PMID: 8890613
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 1988 Dec;33(15):2559-68. PMID: 3074352
Seikagaku. 1988 Oct;60(10):1127-47. PMID: 2470843
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 1987 Jul;(30 Suppl):223-46. PMID: 3334470
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 1985 Dec;30(14 Suppl):1503-16. PMID: 3914657
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 1984 Oct;29(10):774-94. PMID: 6393213

これらは図書館にあるでしょうから，この辺りを出発点にするといいかも．

もうひとつの方法は，塩基配列のデータベースで，目的の遺伝子，cDNA
などが登録されているかどうか探す方法，
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
こちらなどをribulose-bisphosphate carboxylaseで検索し，必要に応じてキーワードを追加してしぼっていき，問題のサブユニットの情報を見ます．この場合，由来が問題なので，出てきた配列情報のsourceという項目に，
/organelle="plastid:chloroplast"
というのがあるか見ます．これがなければ，普通の細胞核DNAにコードされているということです（あれば葉緑体由来）．また，このデータベースには，その塩基配列を最初に記載した論文も引用されている場合が多いです，その論文を直接探せるかもしれません．

２．実験方法に関しては，当時と今とでだいぶ状況が変わっています．これを調べるために選ばれる方法は時代によって変わるわけです．当時の方法は，文献から当たってみて下さい．教科書などに実例として紹介されていたりもするかもしれませんね．現在なら，目的の塩基配列さえ分かれば，その配列は，既に種によってほぼ完全にデータベース化されている細胞核DNAや葉緑体DNAと一致するものがあるかどうか一瞬でわかりますので，目的の遺伝子配列をもったDNAをクローニングできればよいです．あとは，葉緑体を細胞から単離する技術を使って，RNAが実際にどちらに発現しているか？もし細胞核コードなら，タンパクが葉緑体に輸送されないといけないので，それがおこっているか，などをだめ押しで調べていくことになるでしょう．変異体がとれれば，それがメンデル遺伝に従うか，細胞質遺伝するか調べたりすることもできるでしょう．

ざっとですが，こんなところで．
もしかしたら，もっと具体的に説明してくれる人が来るかも．

回答No.1

dora1

・既に知られている知見を，何をどのように検索すれば知ることができるか？

・まだ由来を調べられていない酵素について，それを知ろうと思ったら，どういう実験をすればよいか？

お知りになりたいのは，検索方法と実験計画のどちらでしょうか？

補足

わたしが知りたいのは実験方法です。
しかしこれはすでに実験が行なわれ、論文が発表されているようなので検索方法を教えていただければ解決するかもしれません。

ちなみに4つではなく8つのサブユニットから構成されるタンパク質（RUBPカルボキシラーゼ）でした。