傷病手当 申請期間について

質問

傷病手当の申請を検討しています。
以前にも質問させていただきましたが、昨年９月にうつ状態と診断され、休職ののち１２月３１日付けで退職しました。
１０月当初は、通院しておりましたが、その後通院も困難な状態に陥り、自宅療養となりました。そのころは傷病手当というものを知らず、クリニックにも行きませんでした。
このたび、通院の再開とともに、傷病手当について教えてもらったので申請しようと思い、当初通ったクリニックに医師の意見をもらいに行きました。
クリニックで、医師の意見については通院期間中のみ記入できるとのことで、「１０月末までなら書ける」と言われました。
傷病手当自体は自宅療養期間も含まれると思いますが、このようなケースの場合、通院期間外の申請は難しいのでしょうか。
また、申請用紙の申請期間も医師の意見にあわせて１０月末までとするべきなのでしょうか。１２月３１日と書いても全額支給はされないと思うのですが、一応１２月３１日までにするのがよいのでしょうか。