分子パッキングとは？

質問

今Ｘ線回折の構造解析の論文を読んでるんですが、その論文の中に「分子パッキング」という言葉が出てきました。
この「分子パッキング」とはどういう意味でしょうか？

回答No.1

anthracene · ベストアンサー

パッキングというのは、結晶の中で分子がどのように詰まっているか？ということです。
構造解析した後、X線解析ソフトで「パッキング」というモードを選ぶと、単位格子（あるいはもっと拡張して無限に表示もできますが）に分子がどのように詰まっているかがビジュアルとして表示されます。

多くの有機分子の結晶では、結晶中でたいした相互作用はありませんので、パッキングを見ても、分子同士に結合あるいは相互作用は見えません。
しかし、水素結合、配位結合、パイーパイ相互作用、CH-パイ相互作用など様々な分子間相互作用が原因で、結晶中で分子同士がきれいな配列をとることがあります。
場合によっては、結晶の中で分子がきれいなカラム構造やチャンネル構造を形成することがあります。
前者は、たとえば結晶の伝導性に影響します。
有機半導体、あるいは有名なTTF-TCNQ超伝導体の結晶中では、分子がきれいなカラム構造を作っています。
また、後者のチャンネル構造をとったことで、結晶がガス分子などを吸蔵する特性を発現することがあります。
これについては、京大院工の北川進先生が世界でもトップの研究者です。

お礼

丁寧な回答ありがとうございます！
とても分かりやすかったです。

回答No.2

anthracene

蛇足だとは思いますが、お読みになっている論文の中にも、パッキング図が載っているのではありませんか？
または、自分でCifファイルを入手し、Mercuryなどフリーのビューわーでパッキングの様子を見てみるという手もあります（このソフトはCCDCのサイトから無料でダウンロードできます。タダの割には使えるソフトです）。
Cif自体は、CCDCから入手したり、雑誌によってはウェブサイトにサポーティングとして載っています（ACSのジャーナルなど）。
今後のご参考にでもなれば。