TAEバッファーを酢酸ナトリウムで作りますか？

質問

TOYOBOのカタログのAppendixを見ていると、５０XTAEのレシピが、トリス・酢酸・EDTAじゃなく、トリス・酢酸ナトリウム・EDTAになってます。酢酸を入れるレシピしか見たことが無かったのですが、これでももんだいないですか？ちなみに、酢酸ナトリウムを使ってレシピ通りにまぜると、ｐH９になります。皆さんはどうですか？

回答No.2

geneticist12

50x ではなくて25xですね。

そのレシピは使ったことがありませんが、見てみると、通常の酢酸、0.5 M EDTA (pH 8.0)を使うレシピに比べて、酢酸イオンの濃度が低いようです。同時に酢酸ナトリウムからナトリウムイオンが同じだけ持ちこれまれますが、EDTAを粉末で加えているので、最終的なナトリウムイオン濃度はそれほど大きく変わらないようです。通常、EDTAを溶解してpH8.0のストック溶液を作るときは、ほぼ等モルのNaOHを加えますから、その分、相殺です。

結論としては、最終的な組成はそれほど違わないので問題なかろうというところなのですが、注意すべき点は、
ふつうTrisはHCl塩で、このレシピもそれだと思いますが、Naで中和塩にしているTrisもあるので間違えないこと。
同様に、EDTAは2Na塩のことだと思いますが、3Naなどもあること。
酢酸ナトリウムは3H2O塩が一般的だけれども、そのレシピの書き方はどうも無水塩じゃないかというところです（確認した方がいいかも）。

pH9.0はずいぶん高めですけれど（ふつう8くらいです）、その辺で違っているのかもしれません。

回答No.1

ebikichi

問題ありません

塩濃度は泳動に影響を与えます
例えば制限酵素のlow bufferとhigh bufferで処理したサンプルを直接、同時に（同じゲル上で）泳動すると移動距離がかなり違います

でも塩濃度が均一であれば　多少塩濃度が違っても　実験間でそれほど影響は出ないでしょう

結論
TAE bufferの塩濃度は適当でも大丈夫

補足

すぐに返事をいただいたのに、ほったらかしにしていてすみません。
回答していただいたように、通常のアガロースゲル電気泳動では何の問題もありませんでした。
なので、簡単に作れるし酢酸臭くないしいいじゃん！と思っていたのですが。。。
しかし、私のほうは現在、DGGE解析をしていて、このバッファー組成では問題があるようです。
DGGEの泳動条件は、60C、75V、14時間、としているのですが、TOYOBO組成のTAEでやると、アクリルアミドゲルの変形、割れが生じます。
通常の酢酸を使うTAEバッファーでも、何度も（６，７回くらい）バッファーを使いまわして古くなってくると、同じようなことが起こってきます。（程度は小さいのですが）
蒸発などでイオンのバランスが壊れたりしてるんでしょうか。通常のアガロースゲル電気泳動でもTAEを注ぎ足しつつやったりすると、発熱がすごくなったりしますよね。それとおんなじことがフレッシュなTOYOBOレシピのTAEでも起こっている気がします。
ちなみに、これを常にチェックしておくべきだったのかもしれませんが、TOYOBOレシピだと、泳動初期の電流値がかなり高いです。なので、かなりゲルに負荷（？）がかかっていたのかな、と勝手に想像するのが、私の知識ではいっぱいいっぱいです。
ともあれ、ありがとうございました。