もう少し情報が欲しいのですが、
アプリケーションから開く時以外には、遅くならないのでしょうか？
関連付けがされているソフトでファイルを開く時や、通常のアプリケーションの起動や、操作で遅くなるとか・・・。
WinMeでは、メモリの必要量が増えているので、メモリが不足してSWAPに入ると極端に遅くなりますよね。
メモリはいくら積んでいるのでしょうか？
それから、Win98からのアップグレードだと、レジストリや、ディスクのデフラグが不可欠ですが、それはされていますか？
関連付けの所で手間取るあたり、レジストリが肥大化してるような気もするのですが・・・。
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