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※ ChatGPTを利用し、要約された質問です（原文：NJ法について）
アミノ酸配列の系統樹作成におけるNJ法の特徴と制約について
このQ&Aのポイント
- NJ法を使ってアミノ酸配列の系統樹を作成する際に、アミノ酸の性質や構造的な情報が完全に無視される可能性があります。
- 塩基の置換やアミノ酸の欠落によって酸性や疎水性などの性質の差が出ても、NJ法では関係なく系統樹が作られます。
- NJ法を進めるかどうかについては、ソフトの詳しい機能を理解する必要があります。
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質問者が選んだベストアンサー
基本的に配列がどれぐらい似ているかだけしか情報が得です。ですからDNAの配列をつかうとそのDNA配列の相同性、アミノ酸配列ならその相同性だけです。構造という意味では全く無視されています。重要なアミノ酸ということであればマトリックスを選ぶことによりある程度考慮されるようになると思います。 http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/lectures/literacy1/s050203.pdf http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/Scoring2.html http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_help.html#matrix http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/bioinfo/homology.html
お礼
丁寧なご回答ありがとうございました。 挙げてくださったURLも参考にさせていただきます。