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細菌ゲノムをプラスミドに組み込む
細菌ゲノム（Sphingomonasというグラム陰性菌）のゲノムを制限酵素で消化し、その断片をpUC18等のプラスミドにライゲーションし、大腸菌に導入しようと考えていますが、そこで教えていただきたい点があります。このような目的で細菌ゲノムを調整する場合、ＣＴＡＢによる多糖除去等する必要があるでしょうか。それとも、フェノクロ＆エタ沈（イソ沈）＆RNase処理で十分ですか？
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ありきたりの回答ですが、、、。 もし私なら、きれいに精製します。というのは、１）制限酵素で切る時に夾雑物があると、効率が悪くなる（非特異的切断の可能性もある）から、２）ベクターにライゲーションする時に夾雑物があると効率が低くなる可能性があるから、３）ライゲーションの際にべクターとインサートの量比をコントロールしなければならないので、夾雑物があると、正確にインサートの量を測れないから 等です。 誰でも思うことですが、きれいなDNAが大量にある方が実験をコントロールしやすいですよね。 で、実験ですが、やってみれば案外、汚いDNAでも出来たりしますよね。只、ゲノムを全部カバーするライブラリーを作りたいのであれば、ちょっと大変でもがんばってきれいなDNAを使ってやった方が、将来的にも使えていいですよ（経験者談）。ちなみに、私は超遠心までかけました（そんな必要ないのかなー、、、）。
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お礼
レスを有難うございます。 超遠心までかけられたのですか。。。 そう考えると、ＣＴＡＢくらいで面倒くさがっていたらいかん、ということですね。。。