- ベストアンサー
粉体のDNAを溶かす
こんにちは。 最近DNAの実験を始めたものです。 とても初歩的な質問なのですが、粉体のDNAを液体に溶かすとき、超純水やバッファーなど溶媒によるちがいってあるのでしょうか？ 現在、私は超純水に溶かしてそれを冷蔵庫で保存しているのですが、時間が経ったらDNAの質が変わってしまったり、ということはありますか？また、その溶液を使用する前にはボルテックスしたほうがよいのでしょうか？
- 生物学
- 回答数4
- ありがとう数2
- みんなの回答 （4）
- 専門家の回答
質問者が選んだベストアンサー
♯1です。 ＞冷蔵庫での保存は短時間です。といっても、保存期間はだいたい2週間くらいなのですが（実験している先輩は3ヶ月は大丈夫と言っていましたので） 3ヶ月は大丈夫？？ なにをもって大丈夫と判断しているのでしょう？ 私には怖くてできませんね。 少しは分解したりしているかもしれませんよ。 そんなものを試料には使いたくないですね。 そこからクローニングしたり、遺伝子を読んだりしても 分解していたら意味ありませんから。 私が考える短時間はこの場合せいぜい1日（その日のうちに使うという意味で実質半日）です。 -20度で冷凍保存です（量が多かったり、よく使うものはいくつかに分けた上で）。 使うときは氷中で解凍です（しばらく常温においてある程度溶けてから氷中に移すときもありますが）。 量が少なければ大して時間はかかりません。 実験は正確さが第一です。 どんなに早くても不正確ではそのデータを最終的に使うことはできません（予備試験ならある程度ラフでも構いませんけど）。 なお、先輩が言うことはすべて正しいわけではありません。 自分なりに調べるなりすることが大事です。 ちなみに 実験関係の参考書としては イラストレイティッドシリーズが大変わかりやすいです。 出版社などは忘れましたが図解も多く、説明も1ステップずつ丁寧に書いてあります。 すくなくともタンパクの精製と遺伝子関係の2種は確実にあります。 そのほかにもあるかもしれません。 ＞容器と溶媒はオートクレーブではなく、UV照射で滅菌していますが、だめでしょうか？ UVで溶液の中まで滅菌できるとは思えません。 例え水中にUVランプを入れてもです。 殺菌にはなっても滅菌レベルは難しいでしょう。 オートクレーブが確実です。 オートクレーブができない理由があれば別ですがUVでは不安です。 第一酵素は失活しないのでそういう意味でもやる意義が低いです。 容器に関してはUVでも可能な気もしますが市販の滅菌容器はガンマ線滅菌だったと思います。他になにか酸化力のあるガス（エチレンオキサイドだったかな）も使っていたものもあったような気がします。やはり心もとないです。オートクレーブすべきです。
その他の回答 (3)
- takumicchi
- ベストアンサー率48% (15/31)
>粉体のDNAを液体に溶かすとき、超純水やバッファーなど溶媒によるちがいってあるのでしょうか？ ストックとしてのDNA溶液ならTEで溶かして-20℃保存。この溶液を希釈して実験に直接使う場合は超純水で希釈して-20℃保存ですね。 保存温度については-20℃が基本ですが、凍結融解を繰り返すのもDNAの不安定化を招くので、4℃保存をする場合もあります。この場合は短期間で使い切る量だけです。そのDNAをどのような実験に使用するかわからないので正確な答えはできませんが、-20がベターじゃないでしょうか？周りの人にも聞いてみましょう。 >時間が経ったらDNAの質が変わってしまったり、ということはありますか？ 質が変わることはないです。DNAがRNAに変わってしまったりしません（笑）。表現の問題ですが、長期的に溶液状態でしかも4℃状態だと分解してきます。これを「質が変わる」といえばYesです。 >その溶液を使用する前にはボルテックスしたほうがよいのでしょうか？ ジェノミックDNAのボルテックスは厳禁です。プラスミドDNAなら問題はないですが、スーパーコイルを保っておきたいならタッピングやピペッティングで溶かすことが良いでしょう。
- yokochoco
- ベストアンサー率16% (18/106)
純水では時間がたつとDNAの構造が緩む場合があります．また4℃で長期保存するのも奨められません． プラスミドDNAならばごく短時間ならボルテックスしても大丈夫でしょう．まあふつうはかるくタッピングするくらいです．ゲノムDNAでしたらボルテックスした時点で切れてしまっているでしょう． DNAの実験を始めたばかりとのことですので，1冊そういった実験の入門書を読んで基礎を身につけてください．大学の図書館などにおいてあると思うのですが．
- mizu_atsu
- ベストアンサー率41% (180/433)
「冷蔵庫で保管」など論外です（短時間なら別ですが）。 「冷凍」で保存です。 溶媒は使用用途によりますが通常はTEです。 EDTAなどがその後の操作に邪魔をするときは純粋に溶かします。 もちろん溶媒、容器ともはオートクレーブしたものですよ。 溶かすときはボルテックスなどせず溶媒を入れて指で何回かはじいたりすれば簡単に溶けます。
補足
回答ありがとうございます。 言い忘れてましたが、冷蔵庫での保存は短時間です。といっても、保存期間はだいたい2週間くらいなのですが（実験している先輩は3ヶ月は大丈夫と言っていましたので）、これって長いんでしょうか？ それから、容器と溶媒はオートクレーブではなく、UV照射で滅菌していますが、だめでしょうか？
関連するQ&A
- DNAのネットワーク形成の際のリンス
初歩的な質問かもしれませんが、なかなか実験がうまくいっていないため、アドバイスをいただけないかと思い、質問させていただきました。DNAは50bpの線状のものを用いています。DNA溶液をSi基板上へ塗布する際には、バッファーなどを純水で洗い流すリンスをする必要があると論文などにも書いてあり、試みているのですが、具体的にはどのようにすればよいのでしょうか？現在は、リンスをした後は、基板は乾燥させ、AFMで観察するつもりですので、基板上のDNA溶液を自然乾燥させた後に、上から純水をかけ、それを窒素ガスで吹き飛ばし、乾燥させています。
- 締切済み
- 化学
- DNA製品についてお聞きしたいのですが。
自分は、物理を専攻しているのですが、 実験に必要なものに、 ・DNA：BlueScript II SK9(+) ダブルスタンダードプラスミドDNA 2961 塩基対 1ng/ml入り 10mMトリスバッファー、EDTA溶液 このように書かれているのですが、何を意味しているのかさっぱり分かりません。 このようなものはどこで購入できるのかが分かる方がいましたら、教えていただきたいです。 また、10mMとはどのような単位なのでしょうか。 よろしくお願い致します。
- ベストアンサー
- 生物学
- 溶液の混合について
DNAを制限酵素で切ったり、シークエンスで配列を求める ことをしているのですが、なかなか結果が出ません。 どうも溶液の混合がうまくいっていないような気がします。 溶液の混合ってどうやってやればいいものなのでしょうか？ ボルテックス、転倒混和、チューブの上を持って下を叩く、ピペッティング などありますが、どのように使い分けたらいいのですか？ 溶液の量、種類によると思いますが。 3000倍希釈とかすることがあるんですが、よく混ぜているんですが、 本当に混ざっているのか自信がありません。 例えば、プラスミド、タンパク質、抗体などはボルテックスをしてはいけないと教えられました。 実験に不慣れでそういういったことについて知識がないのです。 こういうのは人から聞いて教わるものなのですか、 または本で自分で勉強するものなのですか？ こういう実験の初歩について書いてある本があればいいのですが。
- ベストアンサー
- 生物学
- VORTEX、遠心、常温にしてはいけないもの
VORTEX、遠心、常温にしてはいけないもの 初歩的な質問を失礼します。 実験において、ボルテックスや遠心にかけてはいけない物、なるべく常温におかない方が良い物とはどんなものですか？ たとえばタンパク質はボルテックスするとあわ立ちますよね。 DNAは壊れないのでしょうか。 酵素は常にon iceで作業するべきなのはわかりますが、DNAは溶かさないと使えないし、少しくらいなら良い？ また、細胞の密度を濃くしたくて、チューブにいれて軽く遠心したのですが、これって死なないですかね・・・？
- ベストアンサー
- 科学
- DNAを一晩、常温保存してしまいました
DNA類の入ったボックスを、一晩(15hrs)、28度に置き忘れてしまいました。中には、希釈プラスミド溶液（5ng/ul）、プライマー（100、20、10uM)、 MiniPrepで抽出してきたプラスミドが入っていました。どれもＴＥバッファーで希釈してあります。普段は、4℃で保存しています。これらはまだ使えるでしょうか? 初心者ですがどうぞよろしくお願い致します。
- 締切済み
- 生物学
- AFMでDNAを観察する方法
金上のDNAをAFMで観察しようとしましたがうまくできません。 当方この手の操作に不慣れで、周りにも経験者がいないので困っています。 私がやった手順は Siチップ上にEBリソグラフィで作成した金電極上に、3'端と5'端をチオール化したDNAを含む溶液（HEPES/EDTAバッファー）を少量垂らしておよそ1日置いておき、エタノール＆純水でチップを洗浄し、N2ガスで乾燥させるというものです。 そのチップをAFM（Digital InstrumentsのNanoScopeIIIa,タッピングモード,室温大気中） で観測しましたがうまく観測できませんでした。（DNAの塩基数は40程度で1本鎖） AFMの操作技術が未熟なためというのも考えられるのですが、適切な化学的処理、取り扱いをしていないためかもしれないと思い質問しました。 アドバイスよろしくお願いします。 AFMでの観察法に関しては http://www.iwakimu.ac.jp/~katsu/research/DNA-con.pdf を参考にしました。
- ベストアンサー
- 生物学
- ＤＮＡ抽出実験でＤＮＡが消えた・・・
実験でブロッコリーと鳥のレバーからそれぞれのＤＮＡの抽出を行いました。 方法は以下のとおりです。 両試料を冷凍させてから（ブロッコリーは穂先のみを）すりおろし、たんぱく質を切り離すため界面活性剤を加えて、乳鉢・乳棒を使ってよくすりつぶす。 2M食塩水を40ml加え5分ほど湯銭にかけ、ガーゼで濾過する。 ろ液を良く冷やして、冷エタノール20mlを静かに入れる。 ここでまだ不純物を含んだＤＮＡが繊維状になって出てくる。--------★ 巻き取ったものを別のビーカーに入れ、2M食塩水40mlを加えてよく溶かす。 再び湯煎する（３分間）。 厚いうちに濾過をする。 ろ液を良く冷やしてから、冷エタノール20mlを静かに入れ、ガラス棒で静かにかき混ぜる。 すると純度の高いＤＮＡがでてくる。 といった実験だったのですが、鳥レバーに関してはうまくいったのですが、ブロッコリーのＤＮＡが★の時点ではかなり多く出てきていたのに最終的に影も形も出てきませんでした。 最初の試料の量が少なかったのかと思い、試料量を二倍にして同じようにしてみたのですが、やはり★の時点では出てくるのに最終地点では消えてしまいました。 どんな理由が考えられるのでしょうか？ 教えてください！ なお最初の試料量は穂先だけで２０ｇを用いました。 最終の時点での溶液は浮遊物もなく無色透明でした。 冷エタノールはあらかじめ冷蔵庫で冷やしていたものを用い、加える量を増やしても変化はありませんでした。
- ベストアンサー
- 生物学
- アルカリSDS法におけるＤＮＡとプラスミドの分離について
大学生になり、生物実験でアルカリＳＤＳを行っている者です。 アルカリＳＤＳによるゲノムＤＮＡとプラスミドを分離する原理について色々な説明がありますが、よく分からないことがあります。solutionIIで菌体膜を壊し、プラスミドDNA及びゲノムDNAは一本鎖に解離します。そして、solutionIIIで中和することにより、比較的小さいプラスミドDNAは二本鎖に戻りますが、ゲノムDNAは１本鎖のままです。ある本では、この一本鎖DNAはタンパクとともに絡まって不溶性画分となって沈殿するのでプラスミドと分離できる、とありました。そしてボルテックスはsolutionIIを加えた以降は禁止で転倒混和ですが、これは激しいボルテックスによりゲノムDNAも粉々になって上清画分に出てきてしまうため、また、膜にゲノムDNAは結合していて膜とともに沈殿させることができるが、DNAが細かく切れると膜とともに沈殿させることができないため、という文もありました。疑問に思うことは以下の6つです。 (1)一本鎖になるとニックが入りやすくなるのに、プラスミドは二本鎖に戻し、ゲノムDNAを一本鎖のままにすることが、ボルテックスなどでゲノムDNAが細かくなるのを防ぎたいということと矛盾している気がします。細かくなると不都合になるのになぜわざわざ一本鎖にするのでしょうか？ (2)その後のエタ沈でDNAを沈殿させますが、一本鎖のほうが二本鎖より沈殿させやすいのしょうか？原理的にはDNAはエタノールに不溶性なため沈殿することを考えると、一本鎖でも二本鎖でも不溶性なことには違いがありませんよね？一本鎖の方がもつれて絡まりやすいから凝集するのでしょうか？ (3)ゲノムDNAは菌体の膜に結合していて一緒に沈殿しやすいというイメージがよく分からないのですが、膜に所々DNAが細胞骨格などとともに結合しているのでしょうか？何かのタンパクを介しているのでしょうか？ (4)solitionIでTris-HCl(pH.8.0)などの緩衝液を加え、菌体をボルテックスして懸濁する必要があるのは後のsolutionII以降の操作のためにどのような目的がありのでしょうか？EDTAでDNaseなどを不活性化するのは分かるのですが…。またグルコースも加えるのは何のためなのでしょう。Tris-HClで十分緩衝液になっている気がします。 (5)エタ沈の前に、フェノールクロロホルム抽出をはさむプロトコールがありました。フェノールクロロホルム抽出をはさまなくても、solutionIIのアルカリ性でタンパクは変性し、不溶性となるので、核酸と分離できるはずですが、はさむ方法もあるのは、よりタンパクを取り除くためでしょうか？ (6)こちらは、確認質問なのですが、エタ沈の目的は核酸の沈殿であって、タンパクとの分離はできませんよね？ ちまちまとすみませんが、どなたかよろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- ゲノムDNAの質の検定の為の、アルカリアガロースゲル電気泳動
抽出したゲノムＤＮＡの質の検定を行いたいと思い、アルカリアガロースゲル電気泳動について調べています。 『バイオ実験イラストレイテッド 第二巻』の123ページにはこう書かれています。 “(中略)高品位のゲノムライブラリーの作製などの特殊な用途には、調製したＤＮＡにできるだけニックが入っていない事が望ましい。これを検定するには、ＤＮＡを変性した状態で平均鎖長を調べればよい。ここではそのための、アルカリアガロースによる変性条件下でのＤＮＡの電気泳動法について解説する” ここで不思議に思ったのですが、ＤＮＡを95℃で熱変性→4℃急冷→1本鎖DNAにした状態で、普通にアガロースゲル電気泳動を行えば同様の結果(効果)が得られるのでないか？ わざわざアルカリアガロースゲルで泳動する必要があるのだろうか？と思うのです。 電気泳動中は泳動バッファーの温度も上昇していきます。中性アガロースゲル電気泳動ではそれによって泳動中に1本鎖DNAが再結合しまうから、アルカリ条件下で再結合を阻害しつつ泳動するのだ、という事なのでしょうか。 どなたが宜しくお願い致します。
- ベストアンサー
- 生物学
お礼
大変参考になりました。 ありがとうございます。 ＞なお、先輩が言うことはすべて正しいわけではありません。自分なりに調べるなりすることが大事です。 そうですね。自分でしっかりと勉強しなおします。 ＞ちなみに 実験関係の参考書としては イラストレイティッドシリーズが大変わかりやすいです。 出版社などは忘れましたが図解も多く、説明も1ステップずつ丁寧に書いてあります。 ネットで調べてみたらよさそうなものがいくつかありました。早速購入しようと思います。