MrBayesで系統樹を書く方法

質問

MrBayesで系統解析を行い、Ver.3.1の時は’con file’が出てきて、Seaviewなどのソフトで系統樹が書けたのですが、Version UpしてVer.3.2にしたらconsensus treeである’con file’が得られず、’con.tre file’が出てきて、Seaviewで系統樹が書けなくなってしまいました。ただ’con.tre file’はTreeViewやFigTreeなどのソフトでは系統樹が書けますが。このconsensus fileである’con file’を得る方法と、Seaviewで系統樹が書けるようにする方法を教えて下さい。そのほかrun1.tやrun2.t、run1.p、run2.pなどのファイルは出力されます。

以上宜しくお願いします。

回答No.2

thaliana · ベストアンサー

先ほど回答した者です。
（１）について、SeaViewの最新バージョン（Version 4.3.5）をダウンロードして‘con.tre file’を開いてみたら、taxon nameが数字になることはななく、きちんと表示されました。
ですので、MrBayesで、sumt コマンド実行時に、conformat=simple をつければ、Seaviewでも系統樹が描けます。

回答No.3

thaliana

SeaViewの最新バージョン（Version 4.3.5）なら、conformat=simple をつけなくても、MrBayes Ver.3.2の ‘con.tre file’ をそのまま開けるみたいです。最新バージョンで試してみてください。

回答No.1

thaliana

（１）MrBayesから直接出力したいなら、
mcmcが終わった後、
sumt conformat=simple;
として生成する ‘con.tre file’ は、SeaViewでも開けます。
…が、taxon nameが数字になってしまいます。

（２）別の方法として、（conformat=simple オプションは使わずに）
‘con.tre file’ を FigTree で開いて、File メニュー → Export trees から、
tree type formatをnewicにしてから、新規ファイルとして保存し直せば、SeaViewでも開けます。
…が、事後確率が表示できません。

ご参考まで。

参考URL：

http://sourceforge.net/mailarchive/message.php?msg_id=28687766