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塩基配列解析の仕方～波形の編集基準～
- 塩基配列解析における波形の編集基準について、最低でも300bp以上の読み取りを行いたいとの要望があります。
- 解析にお金や労力がかかっているため、無駄にしたくないとの思いがありますが、波形にコンタミが見られる場合や最大ピークの半分以上にコンタミがある場合は前半の塩基配列を削除し、1/3程度であればデータを使用する方針です。
- 経験的な基準が明確でないため、迷っている状況です。同僚の中にはコンタミが見られる場合は配列を使用しないという考え方もありますが、最適な基準を模索しています。
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質問者が選んだベストアンサー
＞同僚の中には、少しコンタミが見られるだけで、そのサンプルの配列を一切使わないという者もいます それがベストでしょうが，現実には，多少なりともDNAのcontaminationは避けられないような気がします。 また，contaminated sampleの使用基準は特にないと思います。 せっかく分析したのですから，結果を出しておいて，それに対するcontaminationの影響を考察するのが良いと思いますが・・
その他の回答 (1)
その波形がコンタミが原因なのかどうかは議論の余地があるとは思いますが、それはさておき。 実験成績にどれだけの「精度」を要求するかどうかは実験の目的等によって異なります。 つまり、ここでこのような質問をしても意味がない、ということです。ご自分の実験成績にこのデータを採用して良いのか否かは本人にしか判らないことですから。 例えば。 私はウイルスが専門なのですが、分離したウイルスの同定をPCR→シークエンスでやることがあります。 このような場合だと「相同性から検出した遺伝子は間違いなくこのウイルスの特異遺伝子である」ということさえ言えればいいので、シークエンスも片側しかやりませんし多少不安定な箇所があっても気にしません。 でも、あまり変異しないDNAウイルスの系統樹解析をやるような場合だと、400塩基中数塩基違えば別のクラスターに入ってしまうような状況であれば、１塩基でも曖昧なデータが出てくれば採用できないこともあります。その１塩基を飛ばして解析することもありますし。 要は実験目的によって求められる精度が違う、ということです。 でも、両側読んでいれば片側のデータに乱れがあってももう片側のデータで補完できるでしょうから、500bpくらいは確実に読めると思うのですが・・・？ ちなみに「お金がかかっているから」という理由を判断に入れるべきではありません。 どんな事情があろうと、使えないデータは使えませんから。 そこで無理にそのデータを使ってみても、結局は試験全体の足を引っ張られるだけになってしまうリスクが高いですよ。
お礼
回答して下さって、ありがとうございます。 お礼が遅くなり、すみませんでした。 回答して下さったこと、最もだと思います。 この件に関しては、論文を投稿しても査読によって突っ込まれることもありました。 「お金がかかる」は本当に言い訳にはなりませんね。 基準を決めて、考察で補っていこうと思います。 本当にありがとうございました。