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RAPDとはRandom Amplified Polymorphic DNAの略ですね。 PCRという、10～十数塩基のプライマー２本で挟まれるDNA領域を増幅する技術についてはご存じですよね。 RAPDはこのプライマーをランダムに用い、DNA多型を解析する方法です。 例えば病害抵抗性を有するAと有さないBがあったとして、これらを交雑し、更にF2世代を得ます。両親およびF2世代について、多数のプライマーを用いて、DNA多型を解析します。そうすると、F2世代における組み替えの様子から遺伝子地図を作製することができ、中には病害抵抗性を同じように分離遺伝するDNA断片が見つかることがあります。このような、何らかの有用な情報を持つDNA断片およびこのDNA断片を増幅するプライマーのセットを「RAPDマーカー」と呼んだりします。 但しこのようなマーカーは目的遺伝子から数センチモルガン離れていることが普通であり、またPCR自体の確実性も高いとはいえないので、増幅されたDNA断片についてさらに解析し、より安定性の高いマーカーにすることが普通です。また、有用な情報をもつDNA断片が見つかり、プライマーの配列も特定された段階で、すでにRandomではなくなっています。したがって試験段階では「RAPDマーカーを探す」などと表現したりしますが、マーカーが特定された段階では単に「DNAマーカー」と呼ぶのが普通です。 追記 本分野における貴方の理解度が解りませんので、本回答で十分かどうかは自信ありません。質問をされるときに、その背景をもう少し詳しくお書きいただけるとありがたいです。
その他の回答 (1)
以下の参考URLサイトは参考になりますでしょうか? 「ＲＡＰＤ」 さらに ◎http://www.shujunsha.co.jp/sho4/sho4.html （モデル植物の実験プロトコール） ◎http://www.pref.mie.jp/KIKAKU/plan/h10kkh/rep09/#02 （RAPD分析によるコンニャク在来種の識別） ご参考まで。
お礼
ありがとうございます。参考になりました。
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