プラスミド精製の実験の結果について（ＳＤＳ法）

質問

大腸菌（pBR322）プラスミドを使ってアルカリＳＤＳ法を用いてプラスミド精製実験をしたのですが。
アガロースゲル電気泳動の結果が普通だったら、オープンサーキュラー、リニアー、スーパーコイルと出てくるはずが
スーパーコイルとＲＮＡしか出ませんでした。
先生はそれは、いいことだと言っていましたが、何故なのか分かりません。
あとクラス全体がこのような結果になったことを、溶液I（Tris, EDTA, RNase グルコース）が上手く働かなかったためと言っていたのですが、それだけの説明ではいまいち、理解しきれません。
何方かわかる方いらっしゃいましたら、分かりやすく教えていただけないでしょうか。
よろしくお願いします。

回答No.1

sewingcough · ベストアンサー

この辺、あんまり気にしたことがないので
以下の説明も間違ってるかもしれませんが、
テキストなどを読み疑いつつ参考にしてください。
> アガロースゲル電気泳動の結果が普通だったら、
> オープンサーキュラー、リニアー、スーパーコイルと出てくるはずが
> スーパーコイルとＲＮＡしか出ませんでした。
> 先生はそれは、いいことだと言っていましたが、何故なのか分かりません。
プラスミドは二本鎖の環状構造なのはご存知ですね。
それはスーパーコイルの構造をとっているのが普通です。
これは、二重らせんが環を巻くとき捻れが生じるので、
その捻れの歪みを解消するために全体が別のらせんを
作るとエネルギー的に安定だったからだと思います。
じゃあオープンサーキュラーとリニアーはなぜ生じるか？
リニアーは簡単で、二本鎖ともどこかでぶっちぎれたものです。
なので単なる直鎖になります。
オープンサーキュラーはスーパーコイルとリニアーの丁度中間で、
二本鎖のうち一本の鎖がどこかで切れるとオープンサーキュラーになります。
ちょうど二本のゴムをよじってよじってよじっていった後で、
一本だけ切断すると歪みが解消されるのと同じような感じです。
（この一本差の切断部分は「ニック」と呼ばれます。）
じゃあ先生はなぜ「それは、いいことだ」と言ったのか。
もうおわかりの通り、得られたプラスミドには
切断された箇所もニックも存在しなかったからです。
綺麗なプラスミドが得られたので「いいことだ」とおっしゃったのでしょう。

> あとクラス全体がこのような結果になったことを、
> 溶液I（Tris, EDTA, RNase グルコース）が
> 上手く働かなかったためと言っていたのですが、
> それだけの説明ではいまいち、理解しきれません。
プラスミドを精製するときは、RNAが不純物として混ざらないよう
RNase（RNA分解酵素）で大腸菌内のRNAを分解します。
おそらくこのRNaseの効きが悪かったために
クラス全員のプラスミドにRNAが混ざってきてしまったのでしょう。
おそらくそういうことを言ってるのではないかとおもいます。

お礼

回答ありがとうございます。
今までもやもやしていた霧が晴れました。
本当にありがとうございます。