• ベストアンサー

DNAのラベリングについて

DNAのラベリングについて教えてください。 図書館が工事中で使えなく、ネットでも調べてもわからなかったため質問しました。 DNAの実験を行っているのですが、PCR後にラベリングをしました。 しかし、ラベリングの意味がわからないため、何のために行ったのかさっぱりで。。。 なので、わかる方がいらっしゃいましたら教えてください。 よろしくお願いします。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • owata-www
  • ベストアンサー率33% (645/1954)
回答No.3

ここら辺を参考にするといいかと http://www.promega.co.jp/jp/prometec_J/pdf/pj5/PJ5_MagSeqCP.pdf

hakomonn
質問者

お礼

お礼が大変遅くなり申し訳ございませんでした。 問題を解決することができました。 どうもありがとうございます。

その他の回答 (2)

  • oil-sour
  • ベストアンサー率68% (34/50)
回答No.2

ラベリングといえばラベリングですが・・・ 蛍光色素で標識する、サンガー法をもとにした塩基配列の構造決定(俗にいうシークエンス)をされたのだと思います。 wikipediaで「DNAシークエンシング」を調べてみてください。

参考URL:
http://ja.wikipedia.org/wiki/DNAシークエンシング
hakomonn
質問者

お礼

お礼が遅くなり申し訳ございません。 ありがとうございます。 理解することができました。

  • owata-www
  • ベストアンサー率33% (645/1954)
回答No.1

どのようなDNAの実験を行っているかわからないので、さっぱりです… せめて、その前後でどのような実験操作を行ったか書かないとわかりません

hakomonn
質問者

お礼

ありがとうございます。 ミトコンドリアゲノムの配列を決定する実験です。 コンピテントセルを用いてクローニングを行い、PCRにかけました。 そのあと、dNTPを不活化するためExosap処理を行いました。 そのサンプルをBig-Dyeを用いてラベリングを行い、シーケンシングをしました。この実験過程の中でラベリングの意味がわかりません。 ご回答お願いします。

関連するQ&A

  • DNAプローブの合成で

    DNAプローブを作ろうと考えています。DNAプローブを作るときは、1本鎖のDNAをラベリングしなければならないらしいのですが、PCR産物(あるいは精製したもの)を加熱して一本鎖にすれば良いのでしょうか? また、参考にしている論文では、PCR産物をベクターでクローニングしたものをラベリングしているのですが、何故でしょう?

  • ラベリング

    ノーザンやサザンを行うときにつかうProbeの作成方法について教えてください。 現在私はランダムプライマーを用いたラベリングをしています。TakaraのBcaBestrabelingkitです。 最近PCRプロダクトをProbeとすることが多くなってふと思ったのですが、こんなキットを使わなくともPCRにもちいたPrimerと適当なポリメラーゼを用いもラベリングができるのではないかと・・・。 TakaraのキットはランダムプライマーとKlenowフラグメントが入っていて、55℃でランダムプライマーのアニーリングとKlenowによる伸張を同時にやっているようです。 そこで、私はPCRプロダクトとラベルとTaqとdNTPs混ぜた後に、ボイルし、プライマーのアニーリング温度まで下げ、最後に72℃にすればラベルができるのではないかと考えています。 この考え方は間違っていますか? また、Kitを使わずにラベリングする方法をご存じの方、やったことがある方は教えて頂けませんでしょうか?

  • PCRでDNAが増幅されないのは・・

    DNA断片をPCRで増幅し、電気泳動で検出する実験なのですが、「泳動バンドとして目に見えるほどまでは増えなかったサンプルでは、PCR反応中に何が起こっているか」という問いで、考えてもわかりません。どなたか教えてください。よろしくお願いします。

  • DNAシーケンスでのBigDye で使うポリメラーゼ

    実験初心者です。DNAのシーケンシングを行う際に、Big Dye 3.1 というものを入れ、それに目的のDNAとプライマーを入れた溶液を作製し、PCRを行いました。ここで疑問が出てきたのですが、PCRを行う際にはDNAポリメラーゼが必要ですよね? 普通のPCR反応ではポリメラーゼを別に加えるのにここでは加えていません。Big Dye の溶液の中に含まれているのでしょうか? 調べてもBig Dye に含まれる成分が全く出てこなかったので、困っています。もしDNAポリメラーゼが含まれているなら、何の生物由来のものかなども分かると嬉しいです。

  • DNAの吸光度

    今回実験で、鋳型DNAをpcrで増幅し、フェノクロで処理してDNAを抽出しました。そのPCR産物の吸光度を測定したところ A260=0.231、A280=0.207 となりました。通常純粋なDNAの吸光度はA260/A280=約1.8となるはずですが、上記の値ではかなり低いですよね; ここでちょっとした疑問なのですが、A260=0.231ということは、操作の過程でうまくDNAだけを抽出できず、DNA以外の不純物(プライマーなど)が混じっているためこのような極端に高い数値になってしまった、という見解で間違いないでしょうか?? ちなみに同じ実験をしている人のA260の値は0.008とかでした。 どなたか教えていただけたら嬉しいです。

  • DNAに関する実験技術に際して質問なんですが

    今実験をしていてよくわからないことがあるので回答いただけますと助かります。 質問内容は以下の点です。 (1)ゲノミックサザンハイブリダイゼーションを行い、検出はRIラベルしたプローブ(PCRで増幅した鋳型DNAをプローブに利用しています)で処理を行ったのですが、検出器にかけてみると、バンドがスメアになりすぎており目的の位置にバンドがあるのかどうか確認することができません。 これは何が原因でしょうか? ちなみにラベリングする際に使用している試薬は、TOYOBOのBca Labering kitを利用しています。 (2)マウスの胎生7.5日目の胚を利用して、ゲノミックタイピングを行いたいのですが、4%PFAで固定処理を行ったサンプルからDNAは抽出できるものなんでしょうか? 教えていただけますとありがたいです。

  • DNAとDNAもしくはDNAとRNA

    漠然とした質問で申し訳ありません。 初心者なのですが、DNAとDNAもしくはDNAとRNAが結合するということを証明するような実験には何かあるでしょうか? 上司に探してみてといわれたのですが、ゲルシフトアッセイだと、DNAとタンパク質の結合をみているということになるため、少し実験が違うのではないかと思っています。 何かいいアドバイスお願いいたします。

  • RNA(DNA) competitorの作製に関して

     今回の実験でcompetitive PCRを使ってmRNAを定量したいと思っています。しかしこの実験で一番重要なcompetitor RNA(DNA)を作るときの注意点がいまいち分かりません。  お手数ですが、どうか教えてください。

  • ラベリング方法の工夫をしたいのですが・・・

    はじめまして!大学で画像処理について学び始めたものですが、 ラベリング処理でわからないことがあり、質問させていただきました! 二値化はなんとかできたのですが・・・ 下記のようにラベルをつけるにはどうしたらよろしいでしょうか?? 画素数 ○⇒255 ●⇒0 一○○○○○○○○○ 行○○○○●○○○○⇒左から順に●に1、2、3、とつけたい 目○●○○○○○●○  ○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○ 二○○○○○○○●○ 行○●○○●○○○○⇒左から順に●に11、12、13とつけたい 目○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○ ※●は横一列ですが上記のように一番右の●の座標が上だったりするなど縦にずれていてラベリングがうまく走査できません。。。この図だと縦に一列ですが、実際は横にも画素がずれています。。。。 最終的には、このようにラベリングして 一○○○○○○○○○ 行○○○○2○○○○ 目○1○○○○○3○  ○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○ 二○○○○○○○13○ 行○11○○12○○○○ 目○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○  ○○○○○○○○○ 1と11 2と12 3と13の距離を測りたいと思っています・・・なのですが、この際ラベリングを走査すると 一行目の「1」とつけたい画素に「2」がついてしまったり、 二行目の「3」とつけたい画素に「1」がついてしまいます。。 そこでラベリングを、コンビニのスキャナーのように 4つの画素分ぐらいで横に走査できるようにできないか、 と考えたのですが、参考書などを調べたのですが そのようなラベリングは見つからず、 うずまきラベリングや 4近傍ラベリングは見つけたのですが、 うまくラベルをつけることができませんでした。 うずまきラベリングは一行目の横画素に到達するまえに 上下の画素に触れてしまいラベリングできませんでした。 4近傍ラベリングは通常のラベリングと同じような結果になってしまいました。 もしどなたか、このようなラベリング方法を知っている方など いましたらご教授お願いします!! 説明不足、意味がよくわからないところなどありましたらご指摘お願いします よろしくお願いします(><)

  • DNAの電気泳動法による長さの測定

    先日大腸菌・酵母から抽出したDNAを電気泳動にかける実験を行ったのですが、どうも理論値とそれぞれ300bp・80bpほどずれた値が出てしまいました。 なぜこのような差が出てしまったのか、分かる方、教えてください。 ちなみに実験手順はDNAの抽出→PCRによる増幅→電気泳動です。