酵素の構造

質問

大学の授業で、一人一つの蛋白質について調べることになりました。
私は酵素について調べるのですが、立体構造などはＰＤＢからおとせたものの、その他情報を調べるためにＫＥＧＧやらなにやら知っているものでいろいろ検索してみましたが見方もよくわからず困っています。
特徴的モチーフを調べたらり、最適温度・ｐＨを調べたりするには何を調べるのがいいのでしょうか？

回答No.2

Dr_Hyper · ベストアンサー

簡単にであれば、Googleで調べている酵素名、pHとかenzymeとかstructureなどと入力してみてください。結構いろいろ出てきます。
その中には文献も多く含まれています。このような調べ物をするときには文献を読むのが一番ですが授業の調べ物では文献を読むのも大変な学生さんにはこくでしょうから、まずは一般常識をnetで得てから、文献をよみあわることをおすすめします。

回答No.3

marestin

ええと私自身はこの分野から離れてから数年経ってしまっていまして、ここ最近のソフトであるJMOLは使ったことがないのです。MOLMOLとかRasMolとかはあるのですが。
タンパクのモデリングソフトで特定の残基を表示させるのはかなり一般的に行うはずのことなので、出来ないことはないと思います。日本語の解説などもあると思いますので、調べてみてください。

回答No.1

marestin

このご質問だけだとどういうものを調べてるのかちょっとよくわからないですが、PDBを調べているということは酵素一般ではなくてある特定のたんぱく質について調べているということでしょうか？

モチーフや２次構造の情報は、PDBにも付随情報として含まれてるのもあったと思いますが、それ以外は程度文献を調べないと出てこないかと思います。

補足

ありがとうございます。
私はコレステロールエステラーゼについて調べています。
なんとか様々な情報から調べることができました。
今度は立体構造をＰＤＢから調べた際にＪＭＯＬで見ているのですが、
使い方がわからない状態です。
とりあえず色を変えたりするのはわかるのですが
特定のアミノ酸のみを示したりするのはどうしたらいいのでしょうか