DotBlotとサザンブロットの違い

質問

トランスジェニックマウスを業者に作ってもらい、トランスジーンが入ったファウンダーが複数取れました。
トランスジーンのDosage effectを調べたい実験系で、各ファウンダーのトランスジーンコピー数を調べる為にDotBlotとサザンブロットを平行して行いました。
トランスジーンコンストラクトの階段希釈をポジコンとし、トランスジーンをprobeでhybriさせ、期待通りのシグナルが得られています（両方法で）。ところが、サンプルの各ラインのゲノムDNAでは、例えばAラインはDotBlotでは20コピーと見積もられるのに対してサザン法では1コピー。逆にBラインはDotBlotでは5コピーなのにサザン法では20コピー。Cラインに至ってはDotBlotで50コピーあるのにサザンではシグナル0といったように、両方法で結果が一致しないのです。
DotBlotは２回、サザンは３回、independentにやり直したのですが、方法自体の結果は完全に再現性あるので手技によるブレではないと思うのです。
このような経験をお持ちの方がいらしたら、どちらの結果を信じた方が良いのか、また、原理は同じ両方法で結果を合わせるコツ等をアドバイス頂けたら幸いと存じます。よろしくお願いします。

回答No.1

ga111

サザンで、目的シグナルの分子量が適切な位置にあるなら、サザンです。プローブがドットブロットの場合、非特異的なものと反応していると考えます。無理に結果を合わせる必要はないかと。

お礼

やはりDotBlotではバックグラウンドの影響が拭えないですよね。解りました。ありがとうございました。