教えてください

質問

parsimonious tree と　negihbor-joiningの意味について教えてください。

回答No.1

wolv

parsimonious tree

進化の系統しらべるために作成する
系統樹の種類のひとつ

と思われます。

基本的に、3つの種 A,B,Cがありるとき、新たに点Dを設け
BD+DC = BC, AD+DB=AB, AD+DC=AC となるように枝の長さを決めるのですが、
種が増えると、すべての遺伝的距離が、樹形図上での距離と一致するような
図を作れないと思います（自信はあるが、確信はなし）。

　　　　ｂ
ａ－ｄ＜
　　　　ｃ

そこで、いろいろな手法があるわけですが、
質問の樹形図（を作る方法）では、その名前からして、
枝の長さの合計が最も短くなるように、という方針で作るものと思われます。

negihbor-joining
もっとも近接の種同士から順につないでいく、
ということと思われます。

９年前に人のやってる作業を見ていて得た知識なので、
違うかもしれませんが、
「あたらずといえど遠からず」
だと思います。

厳密な意味が知りたければ、他の人の回答を待つか、
系統樹
系統解析
分子進化
分子系統樹
あたりをヒントにして、本屋や図書館で調べてみてください。

お礼

ありがとうございます。大変参考になりました。