DNAの濃縮方法、分離&精製方法

質問

300ulの溶液中に5ngのDNAが溶解しています。

このサンプルを使って、Whole genome amplificationを行ったところ、DNA濃度が低すぎるため、反応が上手く進みません。そこで、水分を蒸発させ、DNA濃度を高めて反応にかけたところ、今度は溶液中の成分が濃縮されていることが原因で、反応が上手く進まなくなりました。（ここで挙げている原因に間違いはありません。別な実験で確認を行っています）

そこで質問は「溶液中のDNAだけを濃縮させる方法」を教えてください。ただし貴重なサンプルなので、極力DNAのロスは避けたいと思っています。ですので、エタノール沈殿法、シリカゲルを用いたカラムによる精製法などは避けたいと考えております。よろしくお願いします。

回答No.2

noname#22806

あまり自信がありませんが、日頃の経験を記します。

テンプレートDNA濃度が低い場合は、サイクル数を増やしています。40～50サイクル。
テンプレートにPCR阻害物が多い場合は、テンプレートDNA量に対して、PCRするtotal volumeを増やしています（テンプレート0.5ulに対してtotal volume 20～100ulでPCRする、など。阻害物の濃度を低くできる。）。

総じて考えると、濃縮したテンプレート少量に対して十分に多いtotal volumeの反応系で、サイクル数を40～50サイクル回してPCRする、ということになるでしょうか。

回答No.1

geneticist12

EtOH沈殿が一番良いと思います。300 ul中5 ngのDNA（しかも高分子のgenomic DNA）なら普通にEtOH沈殿しても十分に回収できる範囲です。

ロスに備えるなら、
１．キャリア（glycogenなど）を添加する。
２．上清は捨てずにとっておく。
をしておけば良いでしょう。