同じタンパク質なのに抗体が違うとバンドの大きさが違うのですか？？

質問

SANTA CRUZ社の抗体を２種類持っています。
２種類ともANTというタンパク質に対する抗体です。
以下のURLでデータシートが見れるのですが・・・

http://www.scbt.com/Datasheets_list/sc-9299.pdf
http://www.scbt.com/Datasheets_list/sc-11433.pdf

DATAのところに、SDS-PAGEでimunoblotした結果を示していますよね。
示されている泳動ではサンプルは同じ rat skeletal muscle extract なので、ANTのアイソフォームも同じのを検出するはず（と思っていた）なのに、バンドの大きさが違いますよね。
SANRA CRUZがなにか間違ってるんでしょうか？
それとも、私が今まで思い違ってたんでしょうか？
同じタンパク質でも抗体の認識部位が異なる抗体では検出される大きさが違くなるものなのですか？
それとも、免疫動物が違う（２次抗体が違う）からでしょうか？
２次抗体は１つはanti goat IgGでもう１つはanti rabbit IgGです。

ちょっと混乱してきました。
どなたかご教授お願いします。

回答No.2

ga111 · ベストアンサー

だいたい、５Kくらいの違いですね。これは誤差範囲で、しかも流しかた、どれだけ流したかでもちがってきます。

また、マーカーが違うようで、これによっても対象の分子量の見かけの大きさが違ってきます。

お礼

マーカーが違うのは気づきませんでした！
論文を調べて、正しい分子量を検討したいと思います。
ありがとうございました。

回答No.1

blackdragon

バンドの位置は、泳動が完了した時点で決まっていますよね。
抗体反応は、一次だろうと二次だろうと、メンブレンに転写した後ですから、位置がずれようがありません。

ということで、
a)特異性の問題で、別のタンパク質に結合してしまった
b)泳動条件の違いで、マーカーとの位置関係が変わってしまった
c)マーカーの位置か分子量を間違って記入した
の３つの可能性が考えられますが、c)が一番怪しいと思います。

お礼

そうですよね、バントの位置は決まってますよね。

メーカーのデータシートなので、まさか非特異ではないと思いますし、bかcでしょうか。
とても参考になりました。
ありがとうございました。