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アガロースゲルの短DNA断片の分離能について

 現在、わたしは5%Nusieve3:1アガロースゲルをつかっています。なぜなら51bpと34bpと17bpのDNA(PCR-RLFP products)を分離したいからです。  ところがDNA productsがとても短いフラグメントのためなかなかきれいなバンドになりません。(ぼやーーっとしたバンドになります。) DNAは1laneあたり約800ngアプライしています。なにかバンドをきれいに見せるようないいアガロースゲルがあれば教えてくださいませ。卒論前でとても困っていますので宜しくお願い致します。

  • 科学
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みんなの回答

回答No.1

そこまで短いと、アガロースでは困難でしょうね。 通常は、その長さなら、ポリアクリルアミドゲルを使うのではないかと思います。 SYNER GEL(下記URL、またはTOHOのカタログ参照)は、結構使えますが、50bp以下となると、やはり厳しそうですし。

参考URL:
http://www.bio-craft.co.jp/sinyaku.html
aikiri
質問者

お礼

回答していただきありがとうございます。SYNER GEL で上手くいくか検討してみます。やっぱり50bp以下は難しいんですね......(ToT)  

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