資本関係のあるグループ会社とはいえ、JR東日本と東京モノレールは別会社です。どこの鉄道会社も自社（もしくはJR各社のように約款上で自社と準ずる旨定めた場合)の切符しか発売しません。
他社の切符を駅で発売する場合は、その駅が他社の駅と共通に使用されていて、その駅で他社窓口でも発売する旨契約がなされている場合に限ります。東京モノレールの場合、そのような駅そのものがありません。
なお、JR東日本は旅行業としての資格は持っており、その旅行業の営業として、東京モノレールの切符(但し、船車券といって通常の切符とは異なります）を発売すること自体は可能ですが、船車券は当然指定券券売機で発券できませんし、駅窓口で発券するにしても旅行業の営業所として登録している窓口は今は事実上皆無に近い状態ではないでしょうか。あったとして、マルス端末で発券できるかどうかは別の話です。(平成時代、当時すでにマルスで発券する仕組みはあっても東京モノレールの船車券は手作業発券のものしか見たことがありません。まあ珍しいから目に触れたのであって、実は端末でバンバン発券されていたのかもしれませんが…）
なお、東京モノレールと独自に委託販売契約した場合東京モノレールの乗車券（これも独自様式）を販売できますが、その多くは各地の空港で販売するための契約で、JR東日本でそのような券を発売しているという情報は見たことがありません。
ちなみに、連絡運輸締結範囲であればJR→モノレール通しの連絡乗車券は発券可能ですが、首都圏の多くの駅では端末で事実上発券できませんし、指定席券売機では扱っていないはずです。
