完了形の英訳がわかりません。

以下のとおりお答えします。

（１）be thought to ～「～すると思われる」という表現方法があります。
I was surprised that the player who had been thought to win was beaten.
「（一般に人から）勝つと思われていた選手が負けたことで私は驚いた」。
＊「勝つと思われていた」のは「負けた」より前なので、過去完了形で表しています。
（こうすることもできなくはありません。）

（２）everyone expected to ～「みんなが～すると予想した」と表現することもできます。
I was surprised that the player who everyone expected to win was beaten.
「みんなが勝つと予期して・思っていた選手が負けたことで私は驚いた」。
＊「勝つと予期して・思っていた」のは、「負けた」と（ほぼ）同時とみなしてよいので、過去形で表します。（確かに、この言い方の方が自然です。）

（３）was beaten「負かされた・負けた」を単に lost「失った・負けた」と言うこともできます。例えばこうです。（ついでに、接続詞 thatを becauseに置き換えます。）
I was surprised because the player who was thought to win lost.
「勝つと思われた選手が負けたので私は驚いた」。
＊（2）と同じように、「勝つと思われていた」のを、「負けた」と（ほぼ）同時とみなして、過去形で表しました。（この言い方も自然です。）

☆ 強いて区別すれば、過去完了形の場合は「前評判的」で、過去形の場合は「同時進行的」（失望感ひとしお!?）です。

I was surprised that the player who had thought would win was beaten.

　ですとその選手がびっくりした時の前に負けたことになります。ですから「誰もが」が主語でないことが一つ、そのために時が狂ったことで、おかしくなったのでしょう。

　I was surprised that the player who everybody thought would win was beaten. とすればよかったと思います。
　時２：