- ベストアンサー
無料X線単結晶構造解析
研究テーマでX線単結晶構造解析をすることになったのですが 手元にあるソフトはリガクの古いCrystal Structureでライセンス保持者も不明です。 また、大学のPC(WindowsXP)は遅く不安です(どのような影響があるかは知らないのですが) テスト用にシクロデキストリンの包接体の結晶を作って測定しても板状で解析されて環状構造がうつってません。 そこでリガク以外のソフトで無料でできないでしょうか? いろいろ調べたのですが初心者でわかりません・・・すみません PCのOSなど環境も含めてお教えください
- yarukidaso
- お礼率75% (3/4)
- 化学
- 回答数2
- ありがとう数3
- みんなの回答 (2)
- 専門家の回答
質問者が選んだベストアンサー
無料のソフトウェアなどを探すことで出来るだけコストを低くして解析することには異論はありませんが、PCの処理速度の問題よりも No.1 回答者の方の言われているように「逆空間内の強度マッピング」を理解されることの方が重要かと思います。 PCの存在もなかった数十年前の研究者は手作業でフーリエ変換を計算していた人もいたはずです。もしいきなり「シクロデキストリンの環状構造が写らない」ことを質問者の方が問題視されているというのであれば、それは測定データのレイアウト(結晶方位の確定)やビームのコリメーションに問題があるかもしれませんし、ピークリファインメントが不十分なのかもしれません。 つまり「回折データを入れれば構造を描画してくれる」ことは今やほとんど当たり前ではありますが、その結果の「不備」がソフトウェアの問題ではなく、実際の強度測定段階での問題である可能性もあります。もし測定がきっちり出来ていれば、古いバージョンのCrystal Structure(リガク製でしょうね・・・)でも、プラットフォームが遅めのPCやWinXPでも、それらしい分子構造は描いてくれるはずです。
その他の回答 (1)
- wata717
- ベストアンサー率44% (72/161)
あなたは測定データを持っていますか。これは反射強度に面指数つけしたものです。 まず最初の出発は正しく面指数つけすることから始まります。 無料ソフトウエアはドイツなど外国に有ります。最新情報は日本結晶学会の会誌に 掲載されていますので、まず新しい巻から読み始めて使用可能なものを 調査することになります。そばに経験者がいなくて独学では大変でしょう。 逆格子を十分理解しておくことがとても大切です。
お礼
データは持ってます。 独学ですね。 研究室に経験者はいませんし、装置を管理してる研究室の経験者は卒業まじかということで出てこないようです。 ソフトなどアドバイス通り、探してみます。 ありがとうございました。 もう少し回答を募集してみます。
関連するQ&A
- タンパク質の構造解析はX線結晶構造解析、NMR、電子顕微鏡が主要ですが
タンパク質の構造解析はX線結晶構造解析、NMR、電子顕微鏡が主要ですが、なぜNMRと電子顕微鏡で発見されるタンパク質の構造はX線に比べて少ないのですか?NMRについては以前聞いた話によると、NMRは歴史が浅く、まだ使われてからそんなに時間がたっていない、また感度が低くサンプルがたくさん必要、原子番号が大きくなればなるほど測定しにくい。と聞いたことがあります。 電磁顕微鏡の解析の数の少ない理由はなんでしょう?
- ベストアンサー
- 化学
- 結晶構造・X線回折パターン表示のソフトウェア
結晶構造やX線(粉末、ラウエ)のパターンを表示してくれる Windows用ソフトで良い物はありませんでしょうか。実際に使って みた感想をお願いできればと思います。実際に表示させたい構造は、 4~5元素で単位構造あたり、数十個の原子で、これを数ユニットセル並べて 3Dでぐりぐりしたいのと、X線回折のパターン(粉末・ラウエ)も表示させたい と考えています。 なお、Crystal MakerはMac専用だし、 Crystal Studioは、つい先ほど、free trialをダウンロードして 触ってみたのですが、3D表示をぐりぐりするのが遅くて使い物に なりませんでした(256MB/750MHz/P3/W2Ksp3)。 他にもありましたら、あるいは、Crystal Studioでも設定・マシン 次第で、結構使えるという情報もお願いいたします。
- ベストアンサー
- 物理学
- タンパク質のFolding,MGstateの解析法
タンパク質は変性剤を加えると変性しますが、変性の中間状態であるMGを経て変性が完了すると思います。 そのためMGstateについてさまざまな研究がなされていると思います。 そこでお聞きしたいのですが、このMGstateはどのように解析するのでしょうか? 調べた範囲ではまず、X線結晶構造解析は結晶化が難しいので採用されていない。 CD測定、蛍光測定はよく利用されているが、ただMGが変性剤のこの濃度にある、ないといった単純なことしかわからない。 私が知りたいのは、もっとこの部位に変性剤が吸着して、ある部分がどのように変性しているか(例えばαーへリックスの部分が解けた後、βーシートが崩れている等)が知りたいのです。 このような場合、どのような手法により研究がなされているのでしょうか?
- ベストアンサー
- 生物学
- LANネットワークの構造を解析するソフトについて
PC初心者です。LANネットワークの構造を解析するソフトというのはあるのでしょうか? 具体的に、どのような解析かは以下の例を参照して下さい。 例1:あるパソコンはモデムと1本のLANケーブルで繋がっている。 例2:あるパソコンはルーター1台を介してモデムと接続している。 例3:あるパソコンはルーター1台とハブ1台を介してモデムと接続している。
- ベストアンサー
- ネットワーク
- タンパク質の巻き戻し確認
今大学の生化学実験で変性タンパク質を巻き戻す実験を行っています。その実験に関連して、タンパク質が変性状態から巻き戻して立体構造を保持していることを解析する手法を挙げろ、という課題が出ました。 タンパク質が巻き戻っていることを確認するだけなのなら、たぶんX線結晶解析やNMRは行わないだろうし、酵素活性の測定は実験で行った方法なので(実験ではリゾチームを巻き戻して溶菌活性を見ました)、それ以外に何かないのかと探しているんですが、見つかりません。もしご存知の方がいれば教えていただきたいです。またそのようなことについて書かれている本があれば教えていただきたいです。
- 締切済み
- 生物学
お礼
お礼が遅くなって申し訳ありませんでした。 全くの素人の質問に丁寧に答えていただきありがとうございました。 これから勉強して何とか形にしていきたいと思います。 みなさん、ありがとうございました