★マイクロサテライトのアレルサイズの疑問★＜再質問＞

質問

大変困っておりますので、皆様、ご教示のほど、宜しくお願いします↓

　大学の実習でマイクロサテライト（SSR）を使った実験を何度か続けてきました。２bp（例えばACACAC…とか）のある配列の反復…と原著論文には書かれているマーカーで、ABIシーケンサーでジェノタイピングをするのですが、その際にアレルと思われるピークの出てくるサイズが２bpごとに綺麗に出るものがある一方で、所々1bpしか間隔を置かないで、次のアレルが出現する遺伝子座（マーカー）もあります。

　マイクロサテライトはいわゆる「反復配列」ですので、普通は2bpごととか、3bpごととか、ある一定の間隔を持った周期性のあるアレルの出現が期待できそうですが、このように不規則な間隔を持って（例えば、サイズ100、102、104、105、107、108、110、113、114…といった位置にアレルが出てくる）出現するのは、どうしてでしょうか（こういうマーカーでも再現性はあるみたいですが）？

　そしてこういうマーカーを使って研究を進めても特に問題は無いでしょうか？分からない事だらけなので、是非お教え頂けないでしょうか？

※以前、同内容に質問をしたものの、殆ど回答が得られなかったため、
再質問とさせていただくものです

回答No.1

noname#86526

恐らくポリメラーゼのミスリーデイングではないでしょうか。
２塩基、３塩基の反復配列の場合に起こりやすい現象のため、通常は４塩基反復配列が個人識別に用いるキットでは利用されています。ＡＢＩのカタログで調べてみてください。またＡＢＩのテクニカルサポートに理由を聞いてみたらわかるのでは？
４塩基の反復配列で検討してみてはどうですか？

補足

ご回答ありがとうございます。

ポリメラーゼのミスリーディングということですが、再現性があるのは何故でしょうか？

また、４塩基反復配列を…という話は初耳でした。勉強になります。ただ、ヒトやモデル生物の様に沢山マーカーが開発されている種ではないため、２、３塩基反復のマーカーしか使えるものが無いのが現状です。自分でマーカー開発からできればよいのですが、そこまでの自由は現在無いので…その範囲でどう対処すれば良いかを知りたいのですが。。