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プライマーデザインについて
m_nkgwの回答
- m_nkgw
- ベストアンサー率47% (42/89)
最初の回答への「お礼」を見たところ、書籍の入手が困難ということでしたので、ポイントをかいつまんでアドバイス差し上げます。 clownさんのプライマー決定法で基本的なところは押さえられると思いますが、さらに収率のよいプライマーを作るためには、プライマー自体を ・GGGG配列を含まない ・プライマーダイマーを作らない ・プライマー自体がヘアピン構造を作らない ・プライマー開始端(3'端)はATを多く、終止端(5'端)はCGを多く、最終端(5'末端)はAもしくはT に作成するということもできます。 これらのテクニックについては、ペーパー(論文?)がでてます。(ごめんなさい、今手元にありませんので詳細がわかりません) あまりにも条件が複雑になりすぎると、手で作成するには困難になりますので、clownさんのおっしゃった方法でよい結果が得られない場合に利用してみてください。 一番のお薦めは、プライマー作成ソフトを利用することなんですが・・・高いんですよね・・。
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