プライマーデザインについて

質問

プライマーデザインをしなければいけないのですが、どのようなステップを踏んでいったら良いのでしょうか？

回答No.2

clown

僕がデザインした場合ですので、
正しいかどうかは分からないのですが、参考程度にと・・・・

（多分、各々の場合で異なる所が多いと思うので）

僕の場合は、増幅させたい領域の外側に対応した配列を見ながら
以下の条件にあった部分を探していくというやり方でした。

●大体、大きさは２０～２５塩基
●ＧＣ含量が４０～６０％

勿論、プライマーは増幅させたい領域の『前』と『後ろ』の
二つ用意しなくてはいけませんね。

それぞれ、別の側の鎖からデザインして（探し出して）下さいね。

あと、これは僕もあとから気付いて慌てたのですが、
二つのプライマー（前と後ろの二つね）が
相補しないようにもしなくてはいけないようですね。
大体、許容範囲内の大きさ（相補していても大丈夫な領域の大きさ）は、
この場合４、５塩基以下なようでした。

何かの、参考になれば・・・・・・
（こんなので、なるかなぁー？）　　（＾＾；）ゴメンネ

お礼

参考にさせてもらい色々検討します。有難うございした。